Cochrane Library

Gisteren heb ik een workshop over Cochrane Collaboration en zoeken in de Cochrane Library gegeven voor de collega’s van de CCZ.
Eén van de dingen die ter sprake zijn gekomen is het gebruik van zoekfilters. Wat bij de toehoorders niet bekend was, is dat heel veel zoekfilters in de Cochrane Library staan in de zgn. module van een Review Group. Deze modules zijn te vinden in één van de bestanden in de Library, nl Cochrane Groups (“About the Cochrane Collaboration”). Als je een zoekactie doet, verschijnt een link op de pagina waar de resultaten staan. Meestal is het resultaat 0 hits.
Om alle relevante modules te vinden, kun je de naam van de review groep intypen in de zoekbalk. Of niets invullen en gewoon op “Go” klikken, dan krijg je alle 95 modules, inclusief van alle Cochrane Centres, Networks en Fields.
In de module van een review groep is een kopje Specialized Register. Hierin kun je de standaardzoekacties van deze review groep vinden. De module van de Childhood Cancer Group en het Dutch Cochrane Centre is op deze manier te vinden. Alle gegevens zijn zonder abonnement te raadplegen.
Een andere mogelijkheid om (onderwerpsgerichte) zoekstrategieën te vinden is in de Cochrane reviews zelf. Sinds een jaar is het verplicht om alle zoekstrategieën in de Appendix van een review te vermelden. Helaas heb je dan wel toegang tot de Cochrane Library nodig. En oudere reviews voldoen uiteraard nog niet aan deze vereiste. Over het vinden van zoekstrategieën heb ik al eerder een stukje geschreven.

Het nieuwe PubMed

Er is heel wat over geschreven: over de nieuwe PubMed interface. Op de Medlib-lijst werd vaak aangevoerd dat deze versie moeilijker is te doorgronden dan de oude versie, zoals die nog steeds op het web staat, en dat artsen naar de zoekmachine Google worden gejaagd. Immers via Google kun je ook PubMed doorzoeken. Of gaan de alternatieve pubmed-zoekmachines, zoals Novoseek, Gopubmed en PubReminer aan inpact winnen?
Na een tijdje de nieuwe interface te hebben gebruikt vind ik de onvriendelijkheid voor gebruikers wel mee vallen. Alhoewel ik nog steeds niet gecharmeerd ben van het vele klikken om de History en de Details van de search op te roepen. Evenals het verstoppen van de Mesh-pagina. Oplossing voor het laatste probleem is een vaste pagina als favoriet opslaan, en die los gebruiken naast de zoekpagina zelf. Dit is echt  geen verbetering. Wanneer de oude interface uit de lucht wordt gehaald, is voor zover ik weet nog niet bekend gemaakt. Ook in het laatste nummer van NLM-bulletin, helemaal gewijd aan de nieuwe interface kon ik hierover niets vinden.
Het zoeken zelf is gelukkig niet veranderd: Please note that search processing, including Automatic Term Mapping, has not changed.

Cochrane

Afgelopen week werd in Singapore het 17de Cochrane Colloquium gehouden. Alle voordrachten tijdens plenaire vergaderingen zijn inmiddels online beschikbaar. Uiteraard waren er diverse workshops, die gevolgd konden worden. Hiervan is geen materiaal beschikbaar voor zover ik weet. Wel kunnen de abstracts worden ingezien van de aldaar gepresenteerde posters, de Virtual Poster Session. Deze is nog in de beta versie. Alle zoekopties werken naar behoren, alleen de tekst van de posters zelf is helaas nog niet compleet. Voor informatiespecialisten en clinical librarians zijn de sessies Searching and Information Retrieval en Evidence-based practice: training and impact interessant.

Een nieuwe ontwikkeling binnen Cochrane is de oprichting van de Cochrane Journals Club:
Cochrane Journal Club presents a recent Cochrane review, together with relevant background information and related resources, podcasts by the authors explaining the key points of the review, and discussion questions to help you to explore the review methods and findings in more detail.
Als je op bovenstaande link klikt kom je op de Clinical Version terecht met het eerste artikel van de club over “Biologics for rheumatoid arthritis: an overview of Cochrane reviews”. Bovenaan staan opties om je aan te melden, vragen te stellen, commentaar achter te laten en het originele review in te zien. Daar kun je ook een link volgen naar de Methological Version, waar wordt ingegaan op de statistische en andere methodologische kwesties.
De Cochrane Journal Clubselecteert één Cochrane review, dat dus uitgebreid wordt besproken. Abstract, het review zelf, en powerpoint presentaties kunnen worden gedownload.

Redesign van PubMed

Sinds deze week kan iedereen kennis maken met het nieuwe ontwerp van Pubmed, via de Preview button op de startpagina. Het geheel is wat aangepast aande tijd, in een moderner jasje gestoken.
Met de nieuwe outlook is meteen ook een deel van de functionaliteit veranderd. Dat wil zeggen dat er buttons zijn verdwenen of op een andere plek neergezet. Kortom er valt weer wat te leren, niet alleen voor de collega’s die dagelijks op PubMed zoeken maar ook voor de eind-gebruikers.
Ik heb inmiddels mijn feedback gegeven aan PubMed. Om niet alles te herhalen, volgt hieronder mijn belangrijkste opmerkingen over de nieuwe vormgeving.
Er is vast nog wel meer te verzinnen. Mijn opmerkingen betreffen de items die ik veel in PubMed gebruik. Maar laat je stem horen, nu kan er nog wat aan gedaan worden. Als niemand piept dat de Mesh zover weg gestopt is, blijft het zoals het nu in de preview is.

Commentaar aan PubMed:
It has, in general, a nice look and feel. If I may comment on it I do not like your start page, the figure of the book is too big, the search bar is almost hidden.
I like your new format for presenting one record. However, I use also often the Medline version of it. Now I get it in one click. In the new version I have to open Display setting, then click on Medline (specific in the bullet), wait for half a second, and then click again on Apply. This is too much clicking.
When I am finally on the Medline-display page, there is no navigation possible, even no search bar. For searching I have to go back. Now, in the ‘old’ version, I am able to do a search from this page, and this saves me, compared with the new version, a click.
The left menu is gone in the new version. It is now hidden in the Resources pull down menu’s from the top of the page. As PubMed user I do not see the Mesh heading there. There are many resources on proteins, sequence analyses, DNA, RNA, all biotech stuff, even on Genetics and Medicine, but no Mesh at all. It can be found only and finally in the list of All Recources under the letter M. This is not handy.
What I am also missing are the tabs for Limits and for History and for Details. Yes, I have found them somewhere hidden in the Advanced Search option.
The combination of the History page together with the Limits might also not always handy.
What I still miss is the option to delete only one search string, for instance only #3. Now the complete search history will be deleted.
Concerning the Limits, I am missing the limit for publication year, for instance 2000-till now. In the new version I have to scroll through the Index of Fields, finding Publication Date, asking there for the index, I end somewhere in 1881. So odd, so old. Entrez Date starts with 1865. That does not help either. How to search for a range of dates is not obvious.
This option does not work in the new version:
The following term was not found in PubMed: 2000-2009[Publication Date]. So I have to select first 2000, then 2001, then 2003, then …., combine them in the search bar.

Veranderingen bij PubMed

PubMed gaat weer veranderen. Met name wordt nu interface aangepast. In het laatste NLM bulletin van September-October 2009 kun je hierover één en ander lezen. De eerste aankondiging dat er wat op stapel stond was trouwens tijdens de Annual Meeting van de MLA in Hawaii, mei j.l.
Door de nieuwe interface hoopt PubMed gebruikers beter van dienst te zijn: de interface heet makkelijker in het gebruike te zijn, de tekst op het scherm wordt aangepast, er komen meer mogelijkheden om nieuwe resultaten sneller te presenteren, in te spelen op medische ontwikkelingen (zoals je nu al ziet voor de Mexicaanse griep op de startpagina van PubMed). De grootste wijziging zit in de formats waarin je de resultaten kunt bekijken: de AbstractPlus en Citation formats gaan verdwijnen.
Ook de Advanced Search and My NCBI zullen worden aangepast. Het is mij nog niet duidelijk wat dit gaat inhouden.
Binnenkort komt er een link op de startpagina naar de nieuwe lay-out. Dan mogen we als gebruiker nog commentaar leveren ook.

Guidelines

Recentelijk zijn er twee artikelen verschenen over richtlijnen om systematische reviews te rapporteren. Ze zijn alletwee in vier tijdschriften tegelijkertijd verschenen. Hier zijn de gegevens met linken:

Moher D, Liberati A, Tetzlaff J, Altman DG; The PRISMA Group.
Preferred Reporting Items for Systematic Reviews and Meta-Analyses: The PRISMA Statement.
J Clin Epidemiol. 2009 Volume 62, Issue 10, Pages 1006-1012
Plos Medicine, 6(7):e1000097
Ann Intern Med. 2009 Aug 18;151(4):264-9, W64
BMJ. 2009 Jul 21;339:b2535. doi: 10.1136/bmj.b2535

Liberati A, Altman DG, Tetzlaff J, Mulrow C, Gøtzsche PC, Ioannidis JP, Clarke M, Devereaux PJ, Kleijnen J, Moher D.
The PRISMA statement for reporting systematic reviews and meta-analyses of studies that evaluate health care interventions: explanation and elaboration.
J Clin Epidemiol. 2009 Volume 62, Issue 10, Pages e1-e34
Plos Medine, 6(7):e1000100
Ann Intern Med. 2009 Aug 18;151(4):W65-94.
BMJ. 2009 Jul 21;339:b2700. doi: 10.1136/bmj.b2700.

Fraude

Regelmatig verschijnen er in de pers berichten over fake resultaten, die door (gerenommeerde) onderzoekers in (top)tijdschriften werden gepubliceerd. Meestal liep dat met een sisser af. De onderzoeker werd ontslagen en dat was het dan.

Onderzoekers van de universiteit van Pittsburgh hebben een zestal jaar geleden een test ontwikkeld om prostaatkanker aan te tonen. Deze test is in ontwikkeling genomen door Onconome, een biotechbedrijf. Dit bedrijf zou de test ook op de markt brengen. Alleen nu blijkt dat de test gebaseerd is op zelf verzonnen resultaten. De test blijkt nu net zo nauwkeurig te zijn om gezond weefsel van tumorweefsel te onderscheiden als het opgooien van een munt. Onconome heeft nu de universiteit voor de rechter gedaagd. Zes jaar is er onnodig geld en energie verspild aan een test, die uiteindelijk niets waard bleek te zijn. Zie het oorspronkelijke artikel in de Pittsburgh Tribune Review.

Trials registers

Sinds 2005 hebben de editors van belangrijke medische tijdschriften hun beleid gewijzigd met betrekking tot de publicatie van klinische studies. De onderzoekers moeten op voorhand informatie over hun onderzoek bij een zgn trial register deponeren, zelfs voordat patiënten worden gerecruteerd. In feite werd er van de onderzoekers (c.q. auteurs) verlangd dat de studie in één van de registers die meedoen aan de WHO ICTRP (International Clinical Trials Register Platform is aangemeld, en dus een ICTRP nummer hebben.
Op deze wijze zou het medisch onderzoek inzichtelijker moeten worden en dubbel werk kunnen worden voorkomen. Ook wordt het duidelijk wie wat voor onderzoek doet, welke medicijnen er gebruikt worden, welke behandelingsmethoden, en eventueel ook wat de bijdrage is van de industrie bij het aangemelde onderzoek.
Er zijn inmiddels veel registers die aan het WHO programma meedoen, waaronder die van Nederland. Clinicaltrial.gov is een Amerikaans register, dat niet alleen studies bevat uit de USA maar ook wereldwijd. ClinicalTrials.gov bevat op dit moment gegevens over 78,276 verschillende trials, die in 172 landen worden uitgevoerd.

Sylvain Mathieu et al (Comparison of Registered and Published Primary Outcomes in Randomized Controlled Trials, JAMA. 2009;302(9):977-984) hebben uitgezocht in hoeverre publicaties over klinisch onderzoek ook een ICTRP nummer bevatten en dus netjes zijn aangemeld bij een register. Slechts de helft van de gepubliceerde studies bleek adequaat te zijn geregistreerd, dwz geregistreerd voor het eind van de trial en met een duidelijke omschrijving van de primaire uitkomst. Andere studies waren niet aangemeld bij een register, of waren pas na de studie geregistreerd, of hadden de primaire uitkomst niet duidelijk omschreven.
Er is nog een lange weg te gaan, voordat complete openheid over klinische studies realiteit is. Tot zo lang is bias (selective outcome reporting) niet uitgesloten.

Zoekstrategieën

Onder de Nederlandse medisch informatiespecialisten is in het verleden regelmatig de discussie rond gegaan of we zoekstrategieën voor Medline/PubMed niet met elkaar kunnen delen, zodat iedereen niet elke keer zelf het wiel hoeft uit te vinden. Op zich een goed idee, alhoewel veel vragen net even iets anders worden gesteld en je dus toch een andere terminologie moet gebruiken.
Jammer genoeg is dit niet van de grond gekomen om wat voor reden dan ook.
Toch zijn er een aantal mogelijkheden om andermans zoekactie te gebruiken. Tegenwoordig moet in elk Cochrane systematisch review de zoekstrategie staan voor elke database die is doorzocht. Daarnaast heeft PubMed zelf diverse standaard zoekacties in de clinical en special queries staan.
Het Centre for Dissemination and Reviews heeft op haar website alle zoekstrategieën staan die via de InterTASC groep zijn verzameld. De “InterTASC Information Specialists’ Sub-Group (ISSG) is the group of information professionals supporting research groups within England and Scotland providing technology assessments ( http://www.ncchta.org/) to the National Institute for Health and Clinical Excellence (NICE)”.
In Canada is de Health Information Research Unit van de McMaster University ook actief bezig met ontwikkelen van zoekstrategieën, zowel voor Medline, Embase, CINAHL als PsychInfo.
Sinds kort is Cindy Schmidt een blog gestart om al haar PubMed zoekstrategieën te delen, heel simpel, maar wel effectief. Uiteraard niet gevalideerd, zoals dat wel bij het Hedges Team en de CDR gebeurt. Maar dit blog is een ware bron van inspiratie. Hopelijk houdt ze het vol om regelmatig nieuwe zoekacties te publiceren.

Wie nog wat leuks wil lezen dit weekend, die heeft een goede aan de nieuwste aflevering van Health Information and Libraries Journal, over zoekfilters, en met twee publicaties van het Hedges Team:

Retrieving randomized controlled trials from medline: a comparison of 38 published search filters (p 187-202)
Kathleen Ann McKibbon, Nancy Lou Wilczynski, Robert Brian Haynes
Published Online: Oct 29 2008 6:45AM
DOI: 10.1111/j.1471-1842.2008.00827.x

Consistency and accuracy of indexing systematic review articles and meta-analyses in medline (p 203-210)
Nancy L. Wilczynski, R. Brian Haynes
Published Online: Feb 24 2009 10:31PM
DOI: 10.1111/j.1471-1842.2008.00823.x

A pragmatic critical appraisal instrument for search filters: introducing the CADTH CAI (p 211-219)
Greg Bak, Monika Mierzwinski-Urban, Hayley Fitzsimmons, Andra Morrison, Michelle Maden-Jenkins
Published Online: Dec 1 2008 3:33PM
DOI: 10.1111/j.1471-1842.2008.00830.x

Beyond relevance and recall: testing new user-centred measures of database performance (p 220-231)
Peter Stokes, Allen Foster, Christine Urquhart
Published Online: Feb 24 2009 10:30PM
DOI: 10.1111/j.1471-1842.2008.00822.x

Impactfactor

De impactfactor voor Cochrane systematische reviews, die in de Cochrane Library worden gepubliceerd,  is voor 2008 vastgesteld op 5.182 . Deze reviews staan nu op de 12e plaats van de 107 uit de ISI categorie tijdschriften Medicine, General & Internal. The eerste impactfactor aan Cochrane gegeven was in 2007. Toen was deze 4.654 en stond het op de 14e plaats van de 100.
Er is nu helemaal geen beletsel meer om een systematisch review te gaan schrijven, gelet op dit mooie resultaat.