Mendeley

2011/04/29

Mendeley is een reference management (webbased) tool. dat mogelijk ook gebruikt kan worden om groepen van informatie te voorzien. Op Netvibes heeft de Childhood Cancer Group een account aangemaakt met daarin o.m. een PubMed bestand over late effecten bij overlevers van kinderkanker. De vraag is of Mendeley hiervoor beter geschikt is.
Ik heb daarom een Mendeley account aangemaakt en geprobeerd om publicaties uit PubMed in Mendeley te krijgen, niet via knippen en plakken, maar direct vanuit PubMed via de Mendeley Webimporter. Om niet al te veel artikelen te importeren en om de data wat hanteerbaar te houden, heb ik in PubMed even op mijn eigen naam gezocht, totaal 15 referenties, waarvan er maar 3 echt (mee) door mij geschreven zijn. Deze heb ik aangevinkt, en geïmporteerd. Maar helaas maakt Mendeley er een snapshot van, en in één documnet zitten nu in My Library 15 referenties, waarvan er 12 niet relevant zijn. Dus toch knippen en plakken?
De enige uitweg die ik zo snel zie is een omweg: eerst exporteren van de PubMed data naar een lokale file, importeren in Reference Manager of EndNote o.i.d. (sic!), als IRS-file exporteren en daarna importeren in Mendeley. Dat klint toch wel heel merkwaardig. Misschien weten jullie een betere oplossing? Ik houd me aanbevolen.

New database of examples of good reporting of RCTs

2011/04/22

Zie hiervoor de recente publicatie van Moher et al in Trials:

Resources for authors of reports of randomized trials: harnessing the wisdom of authors, editors and readers.
D. Moher, S Hopewell, KF Schulz & DG Altman

Trials 2011, 12:98  doi:10.1186/1745-6215-12-98

Fans van PubMed

2011/04/22

In een vorig bericht heb ik een paar tweet-berichten aangehaald, waarvan de auteur zich behoorlijk negatief over PubMed uitliet, zonder verder op de reden hiervan uit te weiden. Al deze hate-tweets worden trouwens worden verzameld op een website. Een link daarnaartoe vond ik in een tweet van 18 april j.l.: “#hate #pubmed ? 34 people agree. More on Pubmed page: http://j.mp/1jRXvA?”
Als je even goed kijkt staat er onder aan de pagina nog een link naar positieve berichten over PubMed. Gelukkig zijn er andere mensen die niet zo negatief reageren. En uiteraard kan PubMed altijd beter en anders.

RSS op tweets

2011/04/08

De meeste twitterberichten (tweets) zijn voor mij niet interessant voor mijn werk. Maar toch zijn er tweets die wel degelijk belangrijke informatie kunnen bevatten. Een manier om tweets te lezen is op bepaalde termen een RSS feed te maken (via search.twitter.com), en de berichten op een geschikt tijdstip door te nemen.
Ik heb een paar RSS-feeds op tweets lopen, waaronder één op #systematische reviews en één op #pubmed.
Vooral die op #pubmed leveren zo nu en dan aardige tweets op, maar ook tweets onder de noemer van ‘wat moet ik er mee’ trouwens. Wat te denken van wat berichten op 16 maart j.l.: “Ik haat #pubmed” van Mark Gaal, of “nuttige literatuur, where are you? #pubmed” van een Jee Dee, en op 23 maart: “Ik weet niet wie #pubmed heeft uitgevonden maar ik snap er niks van. #baggerzooi” geschreven door Trucianne. Mark Gaal studeert geneeskunde of heeft dat gestudeerd aan de UvA (lees AMC), Jee Dee kan ik niet echt plaatsen, in haar Bio staat o.m. psychologie, vandaar misschien een hartekreet over PubMed. Trucianne is een student.
Toch geven de drie bovenstaande berichten te denken. Een aantal (jonge) mensen is niet in staat om de PubMed zoekmachine de doorgronden. Ligt dat aan PubMed, aan deze mensen zelf, aan het onderwijs?
Naast deze komen zoals gezegd ook andere aardige tweets naar boven. Bijvoorbeeld The Science Network, #pubmed’s social network parody: http://bit.ly/fkzIFE op 4 april (via @deweysnotdead). Uiteindelijk is deze laatse tweet 7x door anderen geretweet. En dat vind ik toch wel een nadeel van twitter: heel veel ruis.

EBM hooglereaar

2011/04/01

Sinds 22 maart j.l. bebben we een officiële EBM hoogleraar. Rob Scholten, directeur van het Dutch Cochrane Center, hield toen zijn oratie getiteld ‘Hoe sterk is het eenzame bewijs‘. In zijn rede ging hij uitgebreid in op de problemen die tijdens het schrijven van systematische reviews naar voren komen: onvolledige publicaties, niet gepubliceerd onderzoek, de industrie die gegevens achterhoudt, en het opzetten van trial registers, waar tegenwoordig nieuw onderzoek bij moet worden aangemeld.
Zeer beknopt ging hij in wat we de komende jaren van zijn leerstoel mogen verwachten: reviews uiteraard, verbeteringen in het traject om tot publicatie te komen, openbaarmaken van alle onderzoeksgegevens.

Publiceren

2011/03/04

Iets meer dan twee jaar geleden is er een artikel in het NTvG verschenen over RSS feeds in PubMed, dat ik samen met een collega heb geschreven. Op zich geen groot nieuws. Maar vandaag zat er in mijn mail box een bericht van BioMedLib. Was dat niet een Nederlands blog? Nee, dat was de Biomedbiblog. Hoe het ook zij, BioMedLib blijkt onder andere een attenderingsdienst te zijn, en het NTvG artikel staat bij de laatste 10 artikelen die PubMed over RSS en zoeken in PubMed heeft opgenomen.

Helemaal onderaan de mail staat meer over BioMedLib’s free informal services: “Updater”, “Article Summarization”, “You are cited”en “Free PDFs”. Klinkt allemaal interessant.

BioMedLib is eigenlijk een snelle zoekmachine, “that takes your query and finds the best responses among millions of biomedical articles in the National Library of Medicine’s MEDLINE® database”.
De zoekbalk is helemaal verstopt bovenaan de pagina. De BioMedLib- pagina bevat wat advertenties.  Eigenlijk wil men dat je er een abonnement opneemt, om de kosten te dekken van het onderhoud van soft- en hardware, en dan kun je zonder advertenties zoeken. Ik heb niet naar de fee gekeken.

Als je dan van hen een update krijgt over je NTvG artikel, dan ga je natuurlijk even in hun bestand zoeken op auteursnaam en de uitkomst vergelijken met PubMed zelf.
Als ik op leclercq e zoek in BioMedLib vind ik maar liefst 544 records. Zoveel heb ik nu ook weer niet geschreven. Maar zo kom je wel leuke dingen tegen, zoals de Leclercq test in diagnosis of tear in the rotator cuuf. Geen idee waar dit over gaat.
Dan maar de Advanced search proberen. Hier staan alle Limit functies bij, waarmee je ook in PubMed kunt zoeken, maar ook auteurnaam, affiliation, en wel of geen abstract. Hier dan maar mijn naam ingevuld bij auteur. En ja hoor 14 hits, waarvan ik twee daadwerkelijk heb (mee)geschreven. De eerste hit is het RSS-verhaal is.

Vreemd, dan lopen ze bij BioMedLib toch achter tov PubMed, want het commentaar op Winchester & Bavrey uit de Annals of Internal Medicine, dat in september zo vlot op het web is gepubliceerd (zie mijn eerdere post hierover), is inmiddels op papier verschenen en ook in PubMed opgenomen, sinds gisteren. In PubMed vind ik met mijn naam als trefwoord direct 15 hits, geen Leclercq test daar.

Limitations of the MEDLINE Database in Constructing Meta-analyses.
Leclercq E, Kramer B, Schats W.
Ann Intern Med. 2011 Mar 1;154(5):371-2. No abstract available.
PMID:21357916[PubMed – in process]

Misschien krijg ik t.z.t. van BioMedLib hierover ook weer een e-mail.

TED.com

2011/02/18

Deze week heb ik een fascinerend fimpje gezien van TED, een mij tot dan toe onbekende  organisatie. Via de Amerikaanse medbib-lijst, dr. Shock blog kwam ik uiteindelijk bij TED terecht  Titel van het fimpje is Vizualizing the medical data explosion. Als informatiepsecialist wordt je alleen al door die titel getriggerd.

Eigenlijk gaat het niet over bibliotheken, maar over de dataexplosie die door de medische wereld zelf wordt veroorzaakt. Als een patiënt door de scan wordt gehaald zoals dat populair heet, krijg je een vracht aan gegevens, die allemaal verwerkt moeten worden. Om deze data draait het. De wijze waarop de visualisatie plaats vindt met behulp van een reuze ipad, heel interessant om dat te zien. Toepassing van het scannen om virtueel autopsies uit te voeren, zonder dat daar een mes aan te pas komt: mooie toepassing. Tot slot werd getoond hoe real time de hersenen van een proefpersoon in de scan op opdrachten van buiten reageren. Deze persoon kon in de scan ook z’n eigen hersenactiviteit waarnemen. Fascinerend. Deze film duurt ongeveer 15 minuten, en is uitereaard ook te vinden op de TED website

Alerts

2011/02/11

Ik heb naast RSS, nog een paar ‘ouderwetse’ e-mail alerts lopen om geattendeerd te worden op nieuwe publicaties op ons vakgebied: het zoeken naar informatie. Afgelopen week zaten er een paar aardige titels tussen, die ik hier wil noemen.

Patient safety and systematic reviews: finding papers indexed in MEDLINE, EMBASE and CINAHL.
Tanon AA, Champagne F, Contandriopoulos AP, Pomey MP, Vadeboncoeur A, Nguyen H.
Qual Saf Health Care. 2010 Oct;19(5):452-61. Epub 2010 May 10.

PubMed and beyond: a survey of web tools for searching biomedical literature.
Lu Z.
Database (Oxford). 2011 Jan 18;2011:baq036. Print 2011.

The evidence-based medicine advisor’s challenge: mentoring and critiquing students’ PubMed search methods.
Archambault ME.
J Physician Assist Educ. 2010;21(3):33-9.

PubMed searching for home care clinicians: a guide for success in identifying articles for a literature review.
Young JS.
Home Healthc Nurse. 2010 Oct;28(9):559-65; quiz 566-7.

Evaluating the impact of MEDLINE filters on evidence retrieval: study protocol.
Shariff SZ, Cuerden MS, Haynes RB, McKibbon KA, Wilczynski NL, Iansavichus AV, Speechley MR, Thind A, Garg AX.
Implement Sci. 2010 Jul 20;5:58.

Ik moet ze zelf nog doornemen, dat is me door alle drukte van de laatste tijd nog niet gelukt.

Rest me nog te melden dat het commentaar op Winchester & Bavry, waarover ik eerder meldde, ook in gedrukte vorm wordt verspreid. Volgende week in de Annals of Internal Medicine. Zo vlot  als de electronsiche versie werd gepubliceerd (binnen een paar uur), zo traag gaat de papieren versie (5 maanden).


Goodbye PubMed, hello raw data

2011/01/28

Onder deze titel publiceerde de BMJ op 12 januari j.l. een editorial van Fiona Godley, editor van de BMJ. Een pakkende titel zeker voor medisch informatiespecialisten, die dagelijks in PubMed zoeken.
Al jaren pleit de Cochrane Collaboration voor openheid van gegevens voor klinische studies. Een eerste stap in de goede richting was het verplicht stellen door de belangrijke medische tijdschriften van een trial nummer, ISRCTN (International Standard Randomised Controlled Trial Number Register). Alle nieuwe trials krijgen zo’n nummer (of zouden zo’n nummer moeten krijgen). Het register waar al deze trials in te vinden zijn is ondergebracht bij de WHO, en voor een ieder toegankelijk en doorzoekbaar.

Fiona Godley gaat in haar stuk nog verder: al het onderzoeksmateriaal, dat tijdens een studie wordt aangemaakt, alle gegevens van patiënten, bijwerkingen, moet ter beschikking komen van auteurs die een systematische review willen schrijven. Zij deed haar oproep naar aanleiding van het weerbarstige gedrag van Roche wat betreft het gebruik van oseltamivir (Tamiflu), een neuramidase remmer, als behandeling om geen griep te krijgen en om de symptomen van griep te verminderen. Aanleiding voor haar editorial was een update van een Cochrane review over griepvaccinatie en het gebruik van neuramidase remmers bij gezonde volwassenen., en een publicatie in BMJ (Jefferson et al) over de moeilijkheden die de Cochrane auteurs hebben ondervonden om alle data boven water te krijgen, en wat dus uiteindelijk niet is gelukt.
Er bleek slechts één onderzoek beschikbaar (met incomplete gegevens en uitgevoerd in opdracht van Roche) dat positieve data beschreef over Tamiflu. In hun update hebben de auteurs daarom hun conclusie over Tamiflu herroepen, die eigenlijk gebaseerd was op dit ene incomplete artikel. Herhaaldelijke verzoeken aan de auteurs van het Tamiflu artikel mochten niet baten. Ook herhaalde verzoeken aan Roche, het bedrijf dat Tamiflu maakt, leverden niet op.
Het zou dus heel goed kunnen dat de werking van Tamiflu op lucht is gebouwd. Roche wil geen opening van zaken geven, het enige positieve artikel over Tamiflu is door Roche gesponsord, en hierin zijn niet alle trialgegevens in verwerkt.
Godley pleit er dan ook voor dat altijd alle onderzoeksgegevens verplicht beschikbaar moeten komen: “Reviewers must assess entire trial programmes, and so new tools and methods are needed.” Voor auteurs van systematische reviews zal dat aanzienlijk meer werk opleveren.

Delicious houdt er helemaal niet mee op

2011/01/21

In tegenstelling tot een eerder bericht op dit blog een maand geleden over het einde van Delicious, blijkt nu dat deze dienst er helemaal niet mee stopt.
Via de medbib lijst kwam gisteren een bericht langs van de Delicious Customer Support, dat meteen alle berichten omtrent het einde van Delicious ontkracht. Citaat: “Thank you for writing to Delicious.
I understand that you have heard rumors about Yahoo! shutting down Delicious and want to take a backup of your Delicious bookmarks. We’re genuinely sorry to have these stories appear with so little context for our loyal users.
No, we are not shutting down Delicious. While we have determined that there is not a strategic fit at Yahoo!, we believe there is a ideal home for Delicious outside of the company where it can be resourced to the level where it can be competitive.
We promise to keep you posted as future plans get finalized and encourage you to check the Delicious blog for the latest updates: http://blog.delicious.com

Als je dan toch van Delicious af wilt. Naast Diigo, zijn er nog meer opties voor het opslaan via het web van belangrijke websites, nl. Google Bookmarks (niet zo’n hanfige tool om bookmarks te importeren), Pinboard, en PearlTrees.com. Pinboard vraagt een fee, vooral om spam te voorkomen, en om de site in de lucht te houden. De voors en tegens om over te stappen van Delicious naar Pinboard wordt uitgebreid uit de doeken gedaan.


Volg

Ontvang elk nieuw bericht direct in je inbox.