And en and bij PubMed

De booleaanse operatoren in de zoekstrategieën bij Pubmed worden gewoonlijk altijd met hoofdletters geschreven. In veel gevallen is dat niet nodig, als je and typt in plaats van AND vind je evenveel records:

Search	Most Recent Queries	Time	Result
#6	Search child NOT asthma	03:35:21	1407372
#5	Search child not asthma	03:35:13	1407372
#4	Search child OR asthma	03:35:04	1520182
#3	Search child or asthma	03:34:56	1520182
#2	Search child AND asthma	03:34:47	30187
#1	Search child and asthma	03:34:36	30187

Maar in sommige gevallen moet je echt wel hoofdletters gebuiken.

Bijvoorbeeld als je de zoekstrategie wilt bewaren in myNCBI. Als je dan ‘and’ gebruikt, maakt PubMed er een stopwoord van, en zoekt naar “… AND and AND …”. Het resultaat is dan 0 hits.

Bij sommige termen ziet pubMed ‘and’ als onderdeel van een MeSH term.
Het gebruik van ‘and’ geeft ook problemen wanneer je tags gebruikt in je search, maar bij OR en NOT met kleine letters trouwens niet:

Search	Most Recent Queries	Time	Result
#6	Search child[mh] NOT asthma[mh]	03:43:18	1282584
#5	Search child[mh] not asthma[mh]	03:43:10	1282584
#4	Search child[mh] OR asthma[mh]	03:43:03	1371954
#3	Search child[mh] or asthma[mh]	03:42:53	1371954
#2	Search child[mh] AND asthma[mh]	03:41:26	25847
#1	Search child[mh] and asthma[mh]	03:41:04	0

Bij child[mh] and asthma[mh] wordt de search vertaald in “and asthma[mh]”. En er is geen “and asthma” MeSH heading.

Op de help-pagina van PubMed staat het volgende: Enter Boolean operators in uppercase characters to combine or exclude search terms. Maar in het NLM Technical bulletin uit 2007 staat het wat genuanceerder. Citaat:

Question:

What is the correct way to search in PubMed using Boolean operators? Should they be capitalized?

Answer:

Most PubMed searches do not require Boolean operators to be in uppercase characters. The system recognizes both Boolean OR and NOT in either lower or uppercase. However, lowercase Boolean AND is processed as a stopword rather than a Boolean operator because it is sometimes embedded in MeSH Terms and Subheadings. When you search with a lowercase Boolean AND, click the Details tab to see how the search is translated, e.g., breast cancer and therapy is translated so that and becomes AND. Processing lowercase and as a stopword works well for most PubMed queries that simply include search terms; however queries that include search tags or search history numbers may require an uppercase AND. See the two examples that include a search tag below:

For example:

breast cancer AND therapy[sh] successfully translates to: ((“breast neoplasms”[TIAB] NOT Medline[SB]) OR “breast neoplasms”[MeSH Terms] OR breast cancer[Text Word]) AND “therapy”[Subheading]

breast cancer and therapy[sh] fails to translate correctly because the system searches for the complete phase in the subheading field.

Please note that the majority of searches (especially those that do not user search tags or search numbers) do NOT require the Boolean AND, therefore, breast cancer therapy is the recommended format. The Details feature will show you how PubMed translates the search.

Misschien aan de eindgebruiker toch alleen maar het gebruik van hoofdletters aanleren?

Novoseek

Begin deze maand heb ik stukje geschreven over Novoseek en Quertle. Van de helpdesk van Novoseek heb ik commentaar terug gekregen op mijn bezwaren van beide databases: “complexe zoekacties zijn niet mogelijk, de zoekgeschiedenis is moeizaam of niet te achterhalen, en downloaden van de gegevens is ook niet voor de hand liggend”.
Complexe zoekacties kunnen op zich wel worden uitgevoerd in Novoseek, via de Advance Search pagina: “the Advanced search page allows people to set up advanced queries by specifying database (pubmed, free full text or US Grants), words to find in publications (or to avoid) as well as specifying the concepts you are looking for (diseases, pharmacological substances, genes&proteins, symptoms, etc) and the date range”. Dat zit allemaal wel goed.
Maar wat ik bedoelde was meer dat zelf ik zoekacties wilde combineren en niet met de concepten die Novoseek aanreikt. Als ik een zoekactie doe voor een Cochrane review is deze onderverdeeld in een vier- of vijftal zoekstrategieën, elk gericht op een deel van de PICO. Als ik dezelfde zoekactie wil doen in Novoseek moet ik er één string van maken en die in de zoekbalk kopiëren.

Ik heb dat vanochtend uitgeprobeerd voor een search die ik gisteren in PubMed heb gedaan. Deze bestond uit de onderdelen discharge AND neutropenia AND child AND childhood cancer AND RCT. Alle onderdelen bevatten meer dan 10 termen. Het aan elkaar vastplakken van de zoekstrategieën tot één grote zoekvraag ging goed t.e.m. childhood cancer. Daarna kreeg ik ## in de zoekstrategie en kreeg ik uiteraard 0 records.
De zoekvraag discharge AND neutropenia AND child AND childhood cancer gaf in Novoseek 1085 treffers tegen 535 in PubMed zelf. De eerste 10 records uit Novoseek gaven in ieder geval twee hits, die raak waren tegen drie van de eerste twintig in PubMed.
Het zou leuk zijn om een nadere analyse te doen van beide resultaten. Helaas ontbreekt daarvoor bij mij de tijd.
De zoekgeschiedenis blijft wat mij betreft een moeizaam geheel. Je kunt de zoekvraag opslaan en later weer oproepen, maar wat ik vandaag bij Novoseek heb gedaan aan searches kan ik nergens terugvinden.
Voor het opslaan van zoekacties moet je je trouwens aanmelden. Dat gaat heel simpel via My Novoseek.
Als je bent aangemeld kun je ook data downloaden in *.ris formaat. Alleen moet je elk records aanvinken. Voor Cochrane zou ik dus in bovenstaand voorbeeld 1085 records moeten aanklikken om de complete set te krijgen. Dat is onbegonnen werk. Een optie om alles in één keer te selecteren zou daarvoor een oplossing kunnen bieden.

Nabrander: tot 100 zoekacties zijn terug te vinden in My Novoseek en daar vanuit kun je de zoekactie herhalen door op de link hiervan te klikken

PubMed Advanced Search, Limits, en Homepage worden gereviseerd

In het recente NLM Technical bulletin van januari-februari worden de volgende kleine aanpassingen in PubMed aangekondigd: Advanced search page will be streamlined; a link to Clipboard will be added to the homepage, if applicable; a new Limits page with additional limits for dates and search field tags.
Op de startpagina komt een link naar Limits.
De Limit pagina bevat dan de selectie zoals die voorheen beschikbaar was op de Advanced Search pagina plus nog een aantal data limits en ’search field tags’.
Ook de Advanced Search pagina verandert: ”Search Builder replaces the Search by Author, Journal, Publication Date, and more and Index of Fields and Field Values sections”

ASPO, PICO

Deze week heb ik de Postgraduate Course gevolgd van de ASPO, Amsterdam School of Pediatric Oncology.  Veel geleerd over neuroblastoma, nephroblastoma, leukemia’s, lymphoma’s, en over de Hallmarks of Cancer, waarom kankercellen uit de pas gaan lopen.  Geen zoekstrategieën deze keer.
Alhoewel … Tijdens één van de case presentations beweerde de spreker dat hij geen publicaties – op één artikel na over volwassenen – heeft kunnen vinden of er een verband bestaat tussen Mediterranian fever en neuroblastoma bij kinderen. Dat is natuurlijk een ultieme uittdaging. Of heeft iemand toevallig hier al een keer naar gezocht?

Ander nieuwtje is dat Cochrane PICO’s wil gaan ontwikkelen. Een pilot draait op dit moment samen Wiley, de uitgever van de Cochrane Library. Het moet net zo makkelijk toegankelijk zijn als reviews en als de Cochrane Journal Club. In mei a.s. worden de eerste resultaten van de pilot bekend gemaakt.

Novoseek en Quertle

PubMed wordt op veel verschillende platvormen aangeboden, naast uiteraard de eigen interface. GoPubMed, HubMed zijn voorbeelden daarvan. Recentelijk is daar Novoseek bijgekomen en vandaag hoorde in via LinkedIn van Quertle.

Novoseek is zo’n twee jaar in de lucht. Novoseek is “Search engine for biomedical literature in Medline, US Grants and Full Text publications that will help you to:

• Retrieve meaningful documents related to your search.
• Narrow your search to find results in the relevant scientific journals.
• Identify the most relevant biomedical concepts to your query.

Deze week kondigde Novoseek via Twitter aan dat het zoeken naar “breast carcinoma” in Novoseek 149.000 records oplevert en in PubMed 56.000. Dat is een fors verschil. Nu zeggen aantallen niet alles, maar toch.
Ik heb nog nooit naar breast carcinoma gezocht, maar wel naar breast cancer, en het Novoseek bericht was de aanleiding op deze term in beide zoekmachines te stoppen. Toen was het resultaat wat anders, nl. Pubmed gaf ongeveer 208000 records en Novoseek zo’n 167000.

De uitleg van Novoseek heb ik hieronder gekopieerd. Het komt er kort gezegd op neer dat de vertaalslag van Novoseek anders is dan die van Pubmed. PubMed gebruikt alleen MeSH, en Novoseek gebruikt semantische technieken om documenten aan geneesmiddelen, ziektes e.d. te koppelen. Deze staan allemaal in de linkerkolom op de website. Voor oncologie gerelateerde records wordt b.v. de terminologie van de NCI gebruikt.
Een search kan specifieker worden gemaakt door op een concept te klikken in deze linkerkolom.

Detail uit de Novoseek e-mail:

• Pubmed assumes that “Breast Cancer“ contains the following : Breast Neoplasm ; Neoplasm, Breast ; Neoplasms, Breast ; Tumors, Breast ; Breast Tumors etc
• In Novoseek, a difference is made between “breast neoplasm” and “ breast cancer” NCI identifiers are used.
• You can see these identifiers at the bottom of page in novoseek in the “links to other databases” category
• Since the identifiers from NCI are different for “breast cancer“ and “breast neoplasm“ and based on analysis of texts, journals and authors, our system has assumed that they were not exactly synonyms and chose to separate both search terms. Although « breast cancer » has gathered 4 different NCI identifiers. However, the system may need human assistance sometimes and we take good care to correct when we notice or are told so

Ook hier is menselijk ingrijpen soms noodzakelijk. “Indexering“ gaat bij Novoseek blijkbaar automatisch en is bij PubMed nog een handmatig proces.

Ook Quertle is een sematische database, a relationship/driven biomedical searchengine. Quertle gebruikt MEDLINE/PubMed® as provided by the US National Library of Medicine (NLM) (see Terms) en de full-text BioMed Central publicaties. Andere bronnen volgen nog.
Je kunt op vrije termen zoeken, maar ook op auteursnaam en tijdschrift. Booleaans zoeken is nog niet mogelijk. De uitkomst van een zoekvraag wordt default op relevantie gepresenteerd, maar kan ook op datum. De termen waarop gezocht wordt, worden gemarkeerd. Zo kun je ook meteen zien dat synoniemen worden meegenomen. Aan de linkerkant staan weer termen waarop je de search kunt verfijnen. Je kunt hierbij ook alleen naar clinical trials zoeken.
Beide zoekmachines hebben wat mij betreft een paar grote nadelen, complexe zoekacties zijn niet mogelijk, de zoekgeschiedenis is moeizaam of niet te achterhalen, en downloaden van de gegevens is ook niet voor de hand liggend. Toch maar voorlopig good old PubMed gebruiken, met al zijn eigenaardigheden.

MeSH 2010

Het jaar is weer bijna voorbij, en dat betekent dat de MeSH termen van Medline/PubMed gaan veranderen. Tenslotte verandert de wereld, het onderzoeksveld, en daarin moeten thesaurustermen meegaan. De termen die erbij komen staan op: http://www.nlm.nih.gov/mesh/newd.html.
In het kader van de vindbaarheid is het slimmer om de lijst door te lopen per subcategorie, dan kun je per onderwerp zien of er relevante veranderingen zich gaan voordoen. Zo komen er 5 descriptoren bij onder Neoplasms: Carney Complex, Colloid Cysts, Eccrine Porocarcinoma, Pagetoid Reticulosis, enPoroma.
De termen die gaan verdwijnen of vervangen worden door een andere MeSH-term staan op: http://www.nlm.nih.gov/mesh/deleted.html
Er zijn ook descriptoren, die vervangen worden. Deze zijn op http://www.nlm.nih.gov/mesh/prefterm_change.html te vinden.

Publicatiefrequentie CDSR

Deze week werd bekend dat de publicatiefreqeuentie van de Cochrane Database for Systematic Reviews omhoog gaat van 4x per jaar naar elke maand. En dat met ingang van 2010. De Editor-in-Chief van de Cochrane Library, David Tovey, stuurde het bericht per e-mail rond.
De aankondiging van deze versnelde publicatie kan ik jammer genoeg nog niet op de website van Cochrane zelf terugvinden. Het is trouwens wel terug te lezen op de website van de Information Management System (IMS) website van de Collaboration.
Het is een goed idee om systematische reviews sneller uit tegeven. Dit geldt zowel voor de Review groepen, die in het vervolg minder hectisch achter allerlei deadlines aan hoeven, als voor de auteurs.
Als je een deadline niet haalt, dan haal je die wel van een maand later, i.p.v. drie maanden later. Ook wordt er versneld meer evidence gepubliceerd. Voor auteurs is het ook leuker dat hun manuscript sneller voor iedere geïnteresserde beschikbaar komt, en dat er geen drie maanden tussen indienen van de laatste versie en het werkelijke publiceren in de Cochrane Library zit.
Jammer genoeg betreft het niet CENTRAL, Cochrane Central Register of Controlled Trials. Deze wordt voorlopig nog steeds 1x per drie maanden vernieuwd. Dit hangt samen met de veranderingen die op stapel staan voor de trial registers, die door de meeste review groepen worden onderhouden, en waarvan de nieuwe data in CENTRAL wordt geupload. Daar komt ook een nieuw systeem voor. De voorbereidingen daartoe zijn inmiddels in volle gang.

Toxiciteit van diacetyl

Deze week zag ik een artikel over de toxiciteit van diacetyl of 2,3-butaandion. Diacetyl geeft aan roomboter zijn smaak en wordt ook bij fermentatie gevormd. In kleine hoeveelheden komt het dus ook in alcoholische dranken voor, maar ook in sinaasappelsap. De stof wordt ook geproduceerd om in boteraroma’s terecht te komen. Boteraroma wordt in van alles en nog wat toegepast, van margarine tot koekjes, tot popcorn.
Diacetyl heeft een zgn GRAS-status, Generally Recognised As Safe. Mensen eten diacetyl dan ook door de eeuwen heen zonder enig probleem. Maar nu blijkt dus diacetyl dus toxisch te zijn. In 2001 kregen werknemers van een popcorn fabriek problemen met ademhalen, omdat ze waren blootgesteld aan diacetyl. Ze werden gediagnosticeerd met bronchiolitis obliterans, wat gepaard gaat met kortademigheid, kuchen, vermoeidheid, en kan een doodsoorzaak zijn.
Bij de productie van popcorn werd (wordt) boteraroma toegevoegd. In een popcornfabriek is het zeker niet koud, en aangezien diacetyl een tamelijk vluchtige verbinding is, kun je je voorstellen dat de concentratie van diacetyl in de lucht binnen in de fabriek ook hoger is dan van de buitenlucht.
In de VS lopen nu verschillende zaken van werknemers die tijdens de productie van popcorn aan hoge concentratie diacetyl zijn blootgesteld, zowel tegen de eigen werkgever, maar ook tegen fabrikanten van geur- en smaakstoffen. Als je in PubMed zoekt op diacetyl/adverse effects, dan vind je op dit moment 41 hits. Over de toxiciteit van diacetyl is voor 2001 wel wat geschreven, maar vnl. Ames testen en dierproeven waarbij b.v. de huid aan diacetyl wordt blootgesteld. Niemand die er aan dacht dat je diacetyl ook via de longen binnen zou kunnen krijgen.
Zo zie je maar, je dacht een onschuldige stof te hebben met een GRAS-status, en dan blijkt dezelfde stof ineens toxisch te zijn als het op een andere manier door het lichaam wordt opgenomen.

Registers voor klinisch onderzoek

Deze week vond in Houten een cursus plaats onder de paraplu van de NVB-BMI over Trial Registers. Docenten waren Julie Glanville en Carol Lefebvre, beide uit de UK, en beide geen onbekende onder de (medisch) informatiespecialisten.
Op deze dag passeerden diverse trial registers de revue, waaronder de clinicaltrials.gov, de WHO portal voor klinische studies en het Nederlands trials register. Een overzicht van veel trial registers is trouwens te vinden in het Cochrane Handbook (hoofdstuk 6).
Van diverse trial registers hebben we de zoekmogelijkheden onderzocht, de (on)mogelijkheden om resultaten te downloaden naar Reference Manager of soortgelijke software.
Bij met name kleine registers, zoals die van Zuid-Afrika bijvoorbeeld, moet je zo eenvoudig mogelijk zoeken, dan wel zo breed mogelijk om enig resultaat te krijgen. Vaak is de pagina met de indeling van “disease area” de beste ingang.
Het Nederlands trial register moet je niet alleen op Nederlandse woorden doorzoeken, maar ook op Engelse termen. Toch wel handig om te weten. Hetzelfde geldt voor het Duitse register.
Bij het opruimen van mijn mail-box kwam ik nog twee andere registers tegen, die de moeite waard zijn om ieder geval eens keer te bekijken: ClinicalResearch.com en ClinicalTrialMagnifier.

ClinicalResearch.com is opgezet door Quintiles, een Pharmaceutical Clinical Research Organisation. Quintiles verzorgt en organiseert dus voor de farmaceutische industrie het klinisch onderzoek. Hoe ClinicalResearch.com aan de gegevens komt, is mij niet helemaal duidelijk, en of het alleen om klinisch onderzoek gaat dat door Quintiles wordt ondersteund, kan ik niet vinden. Maar het is een website, waarin klinisch onderzoek duidelijk staat beschreven, er is zowel een patiëntendeel als een pagina speciaal voor artsen. Zoeken gaat eenvoudig op indicatie en op locatie. Als je zoekt op rhabdomyosarcoma, een tumor, dat alleen bij kinderen voorkomt, en op the Netherlands, dan vind je 7 studies. Duidelijk is aangegeven of het een fase 1, 2 , 3 of 4 studie is, wie de sponsor (farmaceutisch bedrijf of organisatie) is, en kaartje erbij van de locatie van de deelnemende ziekenhuizen. Als je op de studie zelf klikt, krijg je meer informatie te zien. Downloaden van data is natuurlijk lastig.
In het Nederlands trial register vind je op rhabdomyosarcoma overigens 0 hits. Dit zou kunnen komen, omdat dit omdat dit register niet fuzzy kan zoeken; bij ClinicalResearch.com wordt nl. naast rhabdomyosarcoma ook op Ewing’s sarcoma en sarcoma zelf gezocht. Alhoewel, sarcoma geeft ook 0 studies in het Nederlands Trial Register.
ClinicalTrialMagnifier wordt gemaakt door de universiteit van HongKong. Dit is meer een electronische newsletter. Zoeken is niet mogelijk. Iedere maand wordt een bepaald onderwerp onder de loep genomen, bijvoorbeeld over leeftijd en geslacht, klinisch onderzoek in een bepaald land, of over een bepaald onderwerp. Op de nieuwsletter kun je je abonneren. Ik heb me net aangemeld om te kijken of dit een interessante bron is.

Cochrane Library (2)

Zoals ik in mijn vorig bericht heb geschreven, heb ik voor de CCZ collega’s deze maand (inmiddels twee keer) een presentatie gegeven over de Cochrane Collaboration en de Cochrane Library. Deze presentatie is inmiddels te vinden op SlideShare.
Een paar dingen die bij de tweede presentatie ter sprake zijn gekomen, wil ik ook hier even aanstippen.
De Collaboration is een groep enthousiaste mensen, die gezamenlijk zich op enigerlei wijze zich met het schrijven van systematische reviews bezighoudt. Veelal is daar funding voor nodig vanuit de overheid en particuliere stichtingen. Valt die funding weg, dan is het gedaan met een review groep, dan wel Field/Network. Heb je funding, kan kun je je eigen groep oprichten en reviews gaan schrijven. Zo zijn er recentelijk een reviewgroep (Sexual Sexually Transmitted Diseases) en een network (Cancer Network) opgeheven, en is de Childhood Cancer Group ‘nog maar’ een paar jaar jong.
Voor literatuuronderzoekers is met name de Information Retrieval Methods Group (IRMG) interessant: “The Group aims to provide advice and support, to conduct research and to facilitate information exchange regarding the information retrieval activities of The Cochrane Collaboration. The emphasis will be on providing practical support for the development of information retrieval techniques and facilities for information searchers.” Meer informatie is te vinden in hun module en op de webpagina van deze groep.
Een issue dat deze week via de discussielijst van de IRMG ter sprake kwam was over trunceren in de Cochrane Library:

#3 tumour 16799 #4 tumour* 4612 #5 tumor 16799 #6 tumor* 13864

Je verwacht bij trunceren dat je een groter aantal records vindt, maar bij tumor/tumour gaat dat niet op. Dit komt door “stemming”, een soort van fuzzy search. Hieronder is een stukje uit een e-mail van Wiley gekopieerd over dit specifieke probleem:

The search engine for Cochrane has some intelligent stemming which will automatically pull in semantic variations (or the different parts of speech) for a term. For some common words, it will also cover British vs American variants. This feature can be turned off for any word by putting it in quotes in the search.
· tumour:ti,ab,kw gives 16799 records; this search finds tumour, tumours, tumor or tumors
· tumor:ti,ab,kw gives 16799 records; this search finds tumor, tumors, tumour, or tumours
· tumour*:ti,ab,kw gives 4612 records; this search find tumours or tumour plus other words beginning with this stem (tumourous, tumoural, tumouralcide) BUT NOT tumor or tumors
· tumor*:ti,ab,kw gives 13864 records; this search will find tumors or tumor plus other words beginning with this stem (tumorous, tumoral) BUT NOT tumour or tumours

Dat is toch iets om rekening mee te houden wanneer je in de Cochrane Library zoekt