Publicatiefrequentie CDSR

Deze week werd bekend dat de publicatiefreqeuentie van de Cochrane Database for Systematic Reviews omhoog gaat van 4x per jaar naar elke maand. En dat met ingang van 2010. De Editor-in-Chief van de Cochrane Library, David Tovey, stuurde het bericht per e-mail rond.
De aankondiging van deze versnelde publicatie kan ik jammer genoeg nog niet op de website van Cochrane zelf terugvinden. Het is trouwens wel terug te lezen op de website van de Information Management System (IMS) website van de Collaboration.
Het is een goed idee om systematische reviews sneller uit tegeven. Dit geldt zowel voor de Review groepen, die in het vervolg minder hectisch achter allerlei deadlines aan hoeven, als voor de auteurs.
Als je een deadline niet haalt, dan haal je die wel van een maand later, i.p.v. drie maanden later. Ook wordt er versneld meer evidence gepubliceerd. Voor auteurs is het ook leuker dat hun manuscript sneller voor iedere geïnteresserde beschikbaar komt, en dat er geen drie maanden tussen indienen van de laatste versie en het werkelijke publiceren in de Cochrane Library zit.
Jammer genoeg betreft het niet CENTRAL, Cochrane Central Register of Controlled Trials. Deze wordt voorlopig nog steeds 1x per drie maanden vernieuwd. Dit hangt samen met de veranderingen die op stapel staan voor de trial registers, die door de meeste review groepen worden onderhouden, en waarvan de nieuwe data in CENTRAL wordt geupload. Daar komt ook een nieuw systeem voor. De voorbereidingen daartoe zijn inmiddels in volle gang.

Toxiciteit van diacetyl

Deze week zag ik een artikel over de toxiciteit van diacetyl of 2,3-butaandion. Diacetyl geeft aan roomboter zijn smaak en wordt ook bij fermentatie gevormd. In kleine hoeveelheden komt het dus ook in alcoholische dranken voor, maar ook in sinaasappelsap. De stof wordt ook geproduceerd om in boteraroma’s terecht te komen. Boteraroma wordt in van alles en nog wat toegepast, van margarine tot koekjes, tot popcorn.
Diacetyl heeft een zgn GRAS-status, Generally Recognised As Safe. Mensen eten diacetyl dan ook door de eeuwen heen zonder enig probleem. Maar nu blijkt dus diacetyl dus toxisch te zijn. In 2001 kregen werknemers van een popcorn fabriek problemen met ademhalen, omdat ze waren blootgesteld aan diacetyl. Ze werden gediagnosticeerd met bronchiolitis obliterans, wat gepaard gaat met kortademigheid, kuchen, vermoeidheid, en kan een doodsoorzaak zijn.
Bij de productie van popcorn werd (wordt) boteraroma toegevoegd. In een popcornfabriek is het zeker niet koud, en aangezien diacetyl een tamelijk vluchtige verbinding is, kun je je voorstellen dat de concentratie van diacetyl in de lucht binnen in de fabriek ook hoger is dan van de buitenlucht.
In de VS lopen nu verschillende zaken van werknemers die tijdens de productie van popcorn aan hoge concentratie diacetyl zijn blootgesteld, zowel tegen de eigen werkgever, maar ook tegen fabrikanten van geur- en smaakstoffen. Als je in PubMed zoekt op diacetyl/adverse effects, dan vind je op dit moment 41 hits. Over de toxiciteit van diacetyl is voor 2001 wel wat geschreven, maar vnl. Ames testen en dierproeven waarbij b.v. de huid aan diacetyl wordt blootgesteld. Niemand die er aan dacht dat je diacetyl ook via de longen binnen zou kunnen krijgen.
Zo zie je maar, je dacht een onschuldige stof te hebben met een GRAS-status, en dan blijkt dezelfde stof ineens toxisch te zijn als het op een andere manier door het lichaam wordt opgenomen.

Registers voor klinisch onderzoek

Deze week vond in Houten een cursus plaats onder de paraplu van de NVB-BMI over Trial Registers. Docenten waren Julie Glanville en Carol Lefebvre, beide uit de UK, en beide geen onbekende onder de (medisch) informatiespecialisten.
Op deze dag passeerden diverse trial registers de revue, waaronder de clinicaltrials.gov, de WHO portal voor klinische studies en het Nederlands trials register. Een overzicht van veel trial registers is trouwens te vinden in het Cochrane Handbook (hoofdstuk 6).
Van diverse trial registers hebben we de zoekmogelijkheden onderzocht, de (on)mogelijkheden om resultaten te downloaden naar Reference Manager of soortgelijke software.
Bij met name kleine registers, zoals die van Zuid-Afrika bijvoorbeeld, moet je zo eenvoudig mogelijk zoeken, dan wel zo breed mogelijk om enig resultaat te krijgen. Vaak is de pagina met de indeling van “disease area” de beste ingang.
Het Nederlands trial register moet je niet alleen op Nederlandse woorden doorzoeken, maar ook op Engelse termen. Toch wel handig om te weten. Hetzelfde geldt voor het Duitse register.
Bij het opruimen van mijn mail-box kwam ik nog twee andere registers tegen, die de moeite waard zijn om ieder geval eens keer te bekijken: ClinicalResearch.com en ClinicalTrialMagnifier.

ClinicalResearch.com is opgezet door Quintiles, een Pharmaceutical Clinical Research Organisation. Quintiles verzorgt en organiseert dus voor de farmaceutische industrie het klinisch onderzoek. Hoe ClinicalResearch.com aan de gegevens komt, is mij niet helemaal duidelijk, en of het alleen om klinisch onderzoek gaat dat door Quintiles wordt ondersteund, kan ik niet vinden. Maar het is een website, waarin klinisch onderzoek duidelijk staat beschreven, er is zowel een patiëntendeel als een pagina speciaal voor artsen. Zoeken gaat eenvoudig op indicatie en op locatie. Als je zoekt op rhabdomyosarcoma, een tumor, dat alleen bij kinderen voorkomt, en op the Netherlands, dan vind je 7 studies. Duidelijk is aangegeven of het een fase 1, 2 , 3 of 4 studie is, wie de sponsor (farmaceutisch bedrijf of organisatie) is, en kaartje erbij van de locatie van de deelnemende ziekenhuizen. Als je op de studie zelf klikt, krijg je meer informatie te zien. Downloaden van data is natuurlijk lastig.
In het Nederlands trial register vind je op rhabdomyosarcoma overigens 0 hits. Dit zou kunnen komen, omdat dit omdat dit register niet fuzzy kan zoeken; bij ClinicalResearch.com wordt nl. naast rhabdomyosarcoma ook op Ewing’s sarcoma en sarcoma zelf gezocht. Alhoewel, sarcoma geeft ook 0 studies in het Nederlands Trial Register.
ClinicalTrialMagnifier wordt gemaakt door de universiteit van HongKong. Dit is meer een electronische newsletter. Zoeken is niet mogelijk. Iedere maand wordt een bepaald onderwerp onder de loep genomen, bijvoorbeeld over leeftijd en geslacht, klinisch onderzoek in een bepaald land, of over een bepaald onderwerp. Op de nieuwsletter kun je je abonneren. Ik heb me net aangemeld om te kijken of dit een interessante bron is.

Cochrane Library (2)

Zoals ik in mijn vorig bericht heb geschreven, heb ik voor de CCZ collega’s deze maand (inmiddels twee keer) een presentatie gegeven over de Cochrane Collaboration en de Cochrane Library. Deze presentatie is inmiddels te vinden op SlideShare.
Een paar dingen die bij de tweede presentatie ter sprake zijn gekomen, wil ik ook hier even aanstippen.
De Collaboration is een groep enthousiaste mensen, die gezamenlijk zich op enigerlei wijze zich met het schrijven van systematische reviews bezighoudt. Veelal is daar funding voor nodig vanuit de overheid en particuliere stichtingen. Valt die funding weg, dan is het gedaan met een review groep, dan wel Field/Network. Heb je funding, kan kun je je eigen groep oprichten en reviews gaan schrijven. Zo zijn er recentelijk een reviewgroep (Sexual Sexually Transmitted Diseases) en een network (Cancer Network) opgeheven, en is de Childhood Cancer Group ‘nog maar’ een paar jaar jong.
Voor literatuuronderzoekers is met name de Information Retrieval Methods Group (IRMG) interessant: “The Group aims to provide advice and support, to conduct research and to facilitate information exchange regarding the information retrieval activities of The Cochrane Collaboration. The emphasis will be on providing practical support for the development of information retrieval techniques and facilities for information searchers.” Meer informatie is te vinden in hun module en op de webpagina van deze groep.
Een issue dat deze week via de discussielijst van de IRMG ter sprake kwam was over trunceren in de Cochrane Library:

#3 tumour 16799 #4 tumour* 4612 #5 tumor 16799 #6 tumor* 13864

Je verwacht bij trunceren dat je een groter aantal records vindt, maar bij tumor/tumour gaat dat niet op. Dit komt door “stemming”, een soort van fuzzy search. Hieronder is een stukje uit een e-mail van Wiley gekopieerd over dit specifieke probleem:

The search engine for Cochrane has some intelligent stemming which will automatically pull in semantic variations (or the different parts of speech) for a term. For some common words, it will also cover British vs American variants. This feature can be turned off for any word by putting it in quotes in the search.
· tumour:ti,ab,kw gives 16799 records; this search finds tumour, tumours, tumor or tumors
· tumor:ti,ab,kw gives 16799 records; this search finds tumor, tumors, tumour, or tumours
· tumour*:ti,ab,kw gives 4612 records; this search find tumours or tumour plus other words beginning with this stem (tumourous, tumoural, tumouralcide) BUT NOT tumor or tumors
· tumor*:ti,ab,kw gives 13864 records; this search will find tumors or tumor plus other words beginning with this stem (tumorous, tumoral) BUT NOT tumour or tumours

Dat is toch iets om rekening mee te houden wanneer je in de Cochrane Library zoekt

Cochrane Library

Gisteren heb ik een workshop over Cochrane Collaboration en zoeken in de Cochrane Library gegeven voor de collega’s van de CCZ.
Eén van de dingen die ter sprake zijn gekomen is het gebruik van zoekfilters. Wat bij de toehoorders niet bekend was, is dat heel veel zoekfilters in de Cochrane Library staan in de zgn. module van een Review Group. Deze modules zijn te vinden in één van de bestanden in de Library, nl Cochrane Groups (“About the Cochrane Collaboration”). Als je een zoekactie doet, verschijnt een link op de pagina waar de resultaten staan. Meestal is het resultaat 0 hits.
Om alle relevante modules te vinden, kun je de naam van de review groep intypen in de zoekbalk. Of niets invullen en gewoon op “Go” klikken, dan krijg je alle 95 modules, inclusief van alle Cochrane Centres, Networks en Fields.
In de module van een review groep is een kopje Specialized Register. Hierin kun je de standaardzoekacties van deze review groep vinden. De module van de Childhood Cancer Group en het Dutch Cochrane Centre is op deze manier te vinden. Alle gegevens zijn zonder abonnement te raadplegen.
Een andere mogelijkheid om (onderwerpsgerichte) zoekstrategieën te vinden is in de Cochrane reviews zelf. Sinds een jaar is het verplicht om alle zoekstrategieën in de Appendix van een review te vermelden. Helaas heb je dan wel toegang tot de Cochrane Library nodig. En oudere reviews voldoen uiteraard nog niet aan deze vereiste. Over het vinden van zoekstrategieën heb ik al eerder een stukje geschreven.

Het nieuwe PubMed

Er is heel wat over geschreven: over de nieuwe PubMed interface. Op de Medlib-lijst werd vaak aangevoerd dat deze versie moeilijker is te doorgronden dan de oude versie, zoals die nog steeds op het web staat, en dat artsen naar de zoekmachine Google worden gejaagd. Immers via Google kun je ook PubMed doorzoeken. Of gaan de alternatieve pubmed-zoekmachines, zoals Novoseek, Gopubmed en PubReminer aan inpact winnen?
Na een tijdje de nieuwe interface te hebben gebruikt vind ik de onvriendelijkheid voor gebruikers wel mee vallen. Alhoewel ik nog steeds niet gecharmeerd ben van het vele klikken om de History en de Details van de search op te roepen. Evenals het verstoppen van de Mesh-pagina. Oplossing voor het laatste probleem is een vaste pagina als favoriet opslaan, en die los gebruiken naast de zoekpagina zelf. Dit is echt  geen verbetering. Wanneer de oude interface uit de lucht wordt gehaald, is voor zover ik weet nog niet bekend gemaakt. Ook in het laatste nummer van NLM-bulletin, helemaal gewijd aan de nieuwe interface kon ik hierover niets vinden.
Het zoeken zelf is gelukkig niet veranderd: Please note that search processing, including Automatic Term Mapping, has not changed.

Cochrane

Afgelopen week werd in Singapore het 17de Cochrane Colloquium gehouden. Alle voordrachten tijdens plenaire vergaderingen zijn inmiddels online beschikbaar. Uiteraard waren er diverse workshops, die gevolgd konden worden. Hiervan is geen materiaal beschikbaar voor zover ik weet. Wel kunnen de abstracts worden ingezien van de aldaar gepresenteerde posters, de Virtual Poster Session. Deze is nog in de beta versie. Alle zoekopties werken naar behoren, alleen de tekst van de posters zelf is helaas nog niet compleet. Voor informatiespecialisten en clinical librarians zijn de sessies Searching and Information Retrieval en Evidence-based practice: training and impact interessant.

Een nieuwe ontwikkeling binnen Cochrane is de oprichting van de Cochrane Journals Club:
Cochrane Journal Club presents a recent Cochrane review, together with relevant background information and related resources, podcasts by the authors explaining the key points of the review, and discussion questions to help you to explore the review methods and findings in more detail.
Als je op bovenstaande link klikt kom je op de Clinical Version terecht met het eerste artikel van de club over “Biologics for rheumatoid arthritis: an overview of Cochrane reviews”. Bovenaan staan opties om je aan te melden, vragen te stellen, commentaar achter te laten en het originele review in te zien. Daar kun je ook een link volgen naar de Methological Version, waar wordt ingegaan op de statistische en andere methodologische kwesties.
De Cochrane Journal Clubselecteert één Cochrane review, dat dus uitgebreid wordt besproken. Abstract, het review zelf, en powerpoint presentaties kunnen worden gedownload.

Redesign van PubMed

Sinds deze week kan iedereen kennis maken met het nieuwe ontwerp van Pubmed, via de Preview button op de startpagina. Het geheel is wat aangepast aande tijd, in een moderner jasje gestoken.
Met de nieuwe outlook is meteen ook een deel van de functionaliteit veranderd. Dat wil zeggen dat er buttons zijn verdwenen of op een andere plek neergezet. Kortom er valt weer wat te leren, niet alleen voor de collega’s die dagelijks op PubMed zoeken maar ook voor de eind-gebruikers.
Ik heb inmiddels mijn feedback gegeven aan PubMed. Om niet alles te herhalen, volgt hieronder mijn belangrijkste opmerkingen over de nieuwe vormgeving.
Er is vast nog wel meer te verzinnen. Mijn opmerkingen betreffen de items die ik veel in PubMed gebruik. Maar laat je stem horen, nu kan er nog wat aan gedaan worden. Als niemand piept dat de Mesh zover weg gestopt is, blijft het zoals het nu in de preview is.

Commentaar aan PubMed:
It has, in general, a nice look and feel. If I may comment on it I do not like your start page, the figure of the book is too big, the search bar is almost hidden.
I like your new format for presenting one record. However, I use also often the Medline version of it. Now I get it in one click. In the new version I have to open Display setting, then click on Medline (specific in the bullet), wait for half a second, and then click again on Apply. This is too much clicking.
When I am finally on the Medline-display page, there is no navigation possible, even no search bar. For searching I have to go back. Now, in the ‘old’ version, I am able to do a search from this page, and this saves me, compared with the new version, a click.
The left menu is gone in the new version. It is now hidden in the Resources pull down menu’s from the top of the page. As PubMed user I do not see the Mesh heading there. There are many resources on proteins, sequence analyses, DNA, RNA, all biotech stuff, even on Genetics and Medicine, but no Mesh at all. It can be found only and finally in the list of All Recources under the letter M. This is not handy.
What I am also missing are the tabs for Limits and for History and for Details. Yes, I have found them somewhere hidden in the Advanced Search option.
The combination of the History page together with the Limits might also not always handy.
What I still miss is the option to delete only one search string, for instance only #3. Now the complete search history will be deleted.
Concerning the Limits, I am missing the limit for publication year, for instance 2000-till now. In the new version I have to scroll through the Index of Fields, finding Publication Date, asking there for the index, I end somewhere in 1881. So odd, so old. Entrez Date starts with 1865. That does not help either. How to search for a range of dates is not obvious.
This option does not work in the new version:
The following term was not found in PubMed: 2000-2009[Publication Date]. So I have to select first 2000, then 2001, then 2003, then …., combine them in the search bar.

Veranderingen bij PubMed

PubMed gaat weer veranderen. Met name wordt nu interface aangepast. In het laatste NLM bulletin van September-October 2009 kun je hierover één en ander lezen. De eerste aankondiging dat er wat op stapel stond was trouwens tijdens de Annual Meeting van de MLA in Hawaii, mei j.l.
Door de nieuwe interface hoopt PubMed gebruikers beter van dienst te zijn: de interface heet makkelijker in het gebruike te zijn, de tekst op het scherm wordt aangepast, er komen meer mogelijkheden om nieuwe resultaten sneller te presenteren, in te spelen op medische ontwikkelingen (zoals je nu al ziet voor de Mexicaanse griep op de startpagina van PubMed). De grootste wijziging zit in de formats waarin je de resultaten kunt bekijken: de AbstractPlus en Citation formats gaan verdwijnen.
Ook de Advanced Search and My NCBI zullen worden aangepast. Het is mij nog niet duidelijk wat dit gaat inhouden.
Binnenkort komt er een link op de startpagina naar de nieuwe lay-out. Dan mogen we als gebruiker nog commentaar leveren ook.

Guidelines

Recentelijk zijn er twee artikelen verschenen over richtlijnen om systematische reviews te rapporteren. Ze zijn alletwee in vier tijdschriften tegelijkertijd verschenen. Hier zijn de gegevens met linken:

Moher D, Liberati A, Tetzlaff J, Altman DG; The PRISMA Group.
Preferred Reporting Items for Systematic Reviews and Meta-Analyses: The PRISMA Statement.
J Clin Epidemiol. 2009 Volume 62, Issue 10, Pages 1006-1012
Plos Medicine, 6(7):e1000097
Ann Intern Med. 2009 Aug 18;151(4):264-9, W64
BMJ. 2009 Jul 21;339:b2535. doi: 10.1136/bmj.b2535

Liberati A, Altman DG, Tetzlaff J, Mulrow C, Gøtzsche PC, Ioannidis JP, Clarke M, Devereaux PJ, Kleijnen J, Moher D.
The PRISMA statement for reporting systematic reviews and meta-analyses of studies that evaluate health care interventions: explanation and elaboration.
J Clin Epidemiol. 2009 Volume 62, Issue 10, Pages e1-e34
Plos Medine, 6(7):e1000100
Ann Intern Med. 2009 Aug 18;151(4):W65-94.
BMJ. 2009 Jul 21;339:b2700. doi: 10.1136/bmj.b2700.