Mapping door PubMed

Vorig jaar is het mappen, de vertaalslag van zoektermen door de PubMed zoekmachine naar MeSH-termen, gewijzigd. Ik heb daar toen een paar stukjes aan gewijd (www.debibliotheker.wordpress.com/2008/06/20/atm-mapping-bij-pubmed/, www.debibliotheker.wordpress.com/2008/06/27/atm-mapping-bij-pubmed2).
Dat het vertalen door Pubmed niet altijd even goed gaat is bekend, maar deze week was ik echt verbaasd over het resultaat.
Een voorbeeld:
oncology
“Oncology”[Journal] OR “Oncology (Williston Park)”[Journal] OR “Nat Clin Pract Oncol”[Journal] OR “Lancet Oncol”[Journal] OR “Curr Treat Options Oncol”[Journal] OR “oncology”[All Fields]

Het is altijd fijn om te weten dat PubMed zo meedenkt, in plaats van alleen te zoeken naar oncology[All fields], krijg je er gratis nog een paar tijdschriften bij. In dit geval zal de ruis niet echt toenemen. De kans dat een oncologiepublicatie in één van deze tijdschriften wordt gevonden, lijkt mij 100%.
Vervelender is het als PubMed naar termen mapt die met het onderwerp waar je naar zoekt weinig te maken hebben. Zo kun je in de problemen komen als je naar verpleegkundige onderwerpen zoekt.
nursing
“nursing”[Subheading] OR “nursing”[All Fields] OR “nursing”[MeSH Terms] OR “nursing”[All Fields] OR “breast feeding”[MeSH Terms] OR (“breast”[All Fields] AND “feeding”[All Fields]) OR “breast feeding”[All Fields]

Toen ik onder de details-knop keek hoe PubMed ‘nursing’had vertaald, was ik verbaars om te zien dat er ineens ook ‘breastfeeding’ termen bij waren gekomen. Wat doet een informatiespecialist dan, die zoekt alleen naar nursing[MeSH] dan heb je niet meer dat er vreemd gemapt wordt. Althans bij alle termen, die ik tot nu toe met MeSH heb gezocht, was dat het geval.
Helaas bij ‘nursing’ ging deze vlieger niet op:
nursing[mh]
“nursing”[MeSH Terms] OR “breast feeding”[MeSH Terms]
nursing[MeSH]
“nursing”[MeSH Terms] OR “breast feeding”[MeSH Terms]

Nursing[MeSH] geeft ook breast feeding[MeSH] !!!
Hoe dit te omzeilen:
Twee opties: vragen naar: nursing[sh] OR nursing[tiab], dan wordt er absoluut niet gemapt naar enige MeSH-term
of
door breast feeding[mh] te excluderen met NOT

  • #8  Search #5 NOT #7                                           187262
  • #7   Search “breast feeding”[MeSH Terms]     19965
  • #6   Search nursing[sh] OR nursing[tiab]     224980
  • #5   Search nursing[MeSH]                                 207227
  • #4   Search nursing[mh]                                      207227
  • #3   Search nursing                                                471332

Door de toevoeging van de term ‘breast- feeding’ wordt een kleine 10% meer records gevonden met evenzoveel ruis. Tenzij je graag breast feeding in je zoekstrategie erbij wilt hebben.

Mapping in PubMed

Last year the translations of search terms in the PubMed database have been changed. It had a lot of confusions then. I have written two items on this topic (in Dutch, see links on top of this page).
As it always was, it is still needed to look at the details-screen of Pubmed to see what the searchengine of PubMed has really done with your search terms.
The term Oncology for instance give extra terms for oncology journals next to the term you really wanted, oncology[All Field] (see above for details).
In this case the problem is not that big, but I do not like this translation.
However when you are looking for ‘nursing’, a very common search term, PubMed translated this also to ‘breast feeding[MeSH]. Breast feeding might be a topic you want to search next to nursing, but in my case I was not interested in it at all.
Even nusring[MeSH] was translated by PubMed into breast feeding[MeSH]. I think this is an omission of the PubMed search engine.
How to avoid this in future. There are at least two options:
searching for nursing[sh] OR nursing[tiab], than absolutely no mapping to any MeSH term occurs
or
exclusion of breast feeding[MeSH] via NOT
About 10% extra hits were obtained when breast feeding[MeSH] was included as search term.

4 Reacties to “Mapping door PubMed”

  1. Marli Says:

    Vervelend, dat foute mappen. Ik wis altijd in het detailsscherm die woorden die me niet bevallen.

  2. MedLib’s Round, First Edition « Laika’s MedLibLog Says:

    […] maps the words, but the way this is done has changed, i.e. multi-term words are split. In her post Mapping door PubMed, written in Dutch and English, de Bibliotheker shows that this altered mapping can have both […]

  3. Bram Hengeveld Says:

    Bedankt voor deze posting!

    Ik kwam er achter dat “nursing” [mesh] (dus inc. de aanhalingstekens) ook een zoekopdracht op de MeSH nursing oplevert en breast feeding et al. buiten beschouwing laat.

  4. PubMed zadelt verpleegkundigen op met nodeloze informatie? « Ars GeriatriCare Says:

    […] en via het blogcarnival MedLib’s Round, First Edition op hetzelfde blog kwam ik terecht op Mapping door Pubmed op het Nederlands/Engelse blog de Bibliotheker’s […]

Geef een reactie

Vul je gegevens in of klik op een icoon om in te loggen.

WordPress.com logo

Je reageert onder je WordPress.com account. Log uit / Bijwerken )

Twitter-afbeelding

Je reageert onder je Twitter account. Log uit / Bijwerken )

Facebook foto

Je reageert onder je Facebook account. Log uit / Bijwerken )

Google+ photo

Je reageert onder je Google+ account. Log uit / Bijwerken )

Verbinden met %s


%d bloggers op de volgende wijze: