Novoseek en Quertle

PubMed wordt op veel verschillende platvormen aangeboden, naast uiteraard de eigen interface. GoPubMed, HubMed zijn voorbeelden daarvan. Recentelijk is daar Novoseek bijgekomen en vandaag hoorde in via LinkedIn van Quertle.

Novoseek is zo’n twee jaar in de lucht. Novoseek is “Search engine for biomedical literature in Medline, US Grants and Full Text publications that will help you to:

  • Retrieve meaningful documents related to your search.
  • Narrow your search to find results in the relevant scientific journals.
  • Identify the most relevant biomedical concepts to your query.

Deze week kondigde Novoseek via Twitter aan dat het zoeken naar “breast carcinoma” in Novoseek 149.000 records oplevert en in PubMed 56.000. Dat is een fors verschil. Nu zeggen aantallen niet alles, maar toch.
Ik heb nog nooit naar breast carcinoma gezocht, maar wel naar breast cancer, en het Novoseek bericht was de aanleiding op deze term in beide zoekmachines te stoppen. Toen was het resultaat wat anders, nl. Pubmed gaf ongeveer 208000 records en Novoseek zo’n 167000.

De uitleg van Novoseek heb ik hieronder gekopieerd. Het komt er kort gezegd op neer dat de vertaalslag van Novoseek anders is dan die van Pubmed. PubMed gebruikt alleen MeSH, en Novoseek gebruikt semantische technieken om documenten aan geneesmiddelen, ziektes e.d. te koppelen. Deze staan allemaal in de linkerkolom op de website. Voor oncologie gerelateerde records wordt b.v. de terminologie van de NCI gebruikt.
Een search kan specifieker worden gemaakt door op een concept te klikken in deze linkerkolom.

Detail uit de Novoseek e-mail:

  • Pubmed assumes that “Breast Cancer“ contains the following : Breast Neoplasm ; Neoplasm, Breast ; Neoplasms, Breast ; Tumors, Breast ; Breast Tumors etc
  • In Novoseek, a difference is made between “breast neoplasm” and “ breast cancer” NCI identifiers are used.
  • You can see these identifiers at the bottom of page in novoseek in the “links to other databases” category
  • Since the identifiers from NCI are different for “breast cancer“ and “breast neoplasm“ and based on analysis of texts, journals and authors, our system has assumed that they were not exactly synonyms and chose to separate both search terms. Although « breast cancer » has gathered 4 different NCI identifiers. However, the system may need human assistance sometimes and we take good care to correct when we notice or are told so

Ook hier is menselijk ingrijpen soms noodzakelijk. “Indexering“ gaat bij Novoseek blijkbaar automatisch en is bij PubMed nog een handmatig proces.

Ook Quertle is een sematische database, a relationship/driven biomedical searchengine. Quertle gebruikt MEDLINE/PubMed® as provided by the US National Library of Medicine (NLM) (see Terms) en de full-text BioMed Central publicaties. Andere bronnen volgen nog.
Je kunt op vrije termen zoeken, maar ook op auteursnaam en tijdschrift. Booleaans zoeken is nog niet mogelijk. De uitkomst van een zoekvraag wordt default op relevantie gepresenteerd, maar kan ook op datum. De termen waarop gezocht wordt, worden gemarkeerd. Zo kun je ook meteen zien dat synoniemen worden meegenomen. Aan de linkerkant staan weer termen waarop je de search kunt verfijnen. Je kunt hierbij ook alleen naar clinical trials zoeken.
Beide zoekmachines hebben wat mij betreft een paar grote nadelen, complexe zoekacties zijn niet mogelijk, de zoekgeschiedenis is moeizaam of niet te achterhalen, en downloaden van de gegevens is ook niet voor de hand liggend. Toch maar voorlopig good old PubMed gebruiken, met al zijn eigenaardigheden.

Geef een reactie

Vul je gegevens in of klik op een icoon om in te loggen.

WordPress.com logo

Je reageert onder je WordPress.com account. Log uit / Bijwerken )

Twitter-afbeelding

Je reageert onder je Twitter account. Log uit / Bijwerken )

Facebook foto

Je reageert onder je Facebook account. Log uit / Bijwerken )

Google+ photo

Je reageert onder je Google+ account. Log uit / Bijwerken )

Verbinden met %s


%d bloggers op de volgende wijze: