Archive for the ‘Databases’ Category

Mendeley

2011/04/29

Mendeley is een reference management (webbased) tool. dat mogelijk ook gebruikt kan worden om groepen van informatie te voorzien. Op Netvibes heeft de Childhood Cancer Group een account aangemaakt met daarin o.m. een PubMed bestand over late effecten bij overlevers van kinderkanker. De vraag is of Mendeley hiervoor beter geschikt is.
Ik heb daarom een Mendeley account aangemaakt en geprobeerd om publicaties uit PubMed in Mendeley te krijgen, niet via knippen en plakken, maar direct vanuit PubMed via de Mendeley Webimporter. Om niet al te veel artikelen te importeren en om de data wat hanteerbaar te houden, heb ik in PubMed even op mijn eigen naam gezocht, totaal 15 referenties, waarvan er maar 3 echt (mee) door mij geschreven zijn. Deze heb ik aangevinkt, en geïmporteerd. Maar helaas maakt Mendeley er een snapshot van, en in één documnet zitten nu in My Library 15 referenties, waarvan er 12 niet relevant zijn. Dus toch knippen en plakken?
De enige uitweg die ik zo snel zie is een omweg: eerst exporteren van de PubMed data naar een lokale file, importeren in Reference Manager of EndNote o.i.d. (sic!), als IRS-file exporteren en daarna importeren in Mendeley. Dat klint toch wel heel merkwaardig. Misschien weten jullie een betere oplossing? Ik houd me aanbevolen.

Advertenties

Fans van PubMed

2011/04/22

In een vorig bericht heb ik een paar tweet-berichten aangehaald, waarvan de auteur zich behoorlijk negatief over PubMed uitliet, zonder verder op de reden hiervan uit te weiden. Al deze hate-tweets worden trouwens worden verzameld op een website. Een link daarnaartoe vond ik in een tweet van 18 april j.l.: “#hate #pubmed ? 34 people agree. More on Pubmed page: http://j.mp/1jRXvA?”
Als je even goed kijkt staat er onder aan de pagina nog een link naar positieve berichten over PubMed. Gelukkig zijn er andere mensen die niet zo negatief reageren. En uiteraard kan PubMed altijd beter en anders.

RSS op tweets

2011/04/08

De meeste twitterberichten (tweets) zijn voor mij niet interessant voor mijn werk. Maar toch zijn er tweets die wel degelijk belangrijke informatie kunnen bevatten. Een manier om tweets te lezen is op bepaalde termen een RSS feed te maken (via search.twitter.com), en de berichten op een geschikt tijdstip door te nemen.
Ik heb een paar RSS-feeds op tweets lopen, waaronder één op #systematische reviews en één op #pubmed.
Vooral die op #pubmed leveren zo nu en dan aardige tweets op, maar ook tweets onder de noemer van ‘wat moet ik er mee’ trouwens. Wat te denken van wat berichten op 16 maart j.l.: “Ik haat #pubmed” van Mark Gaal, of “nuttige literatuur, where are you? #pubmed” van een Jee Dee, en op 23 maart: “Ik weet niet wie #pubmed heeft uitgevonden maar ik snap er niks van. #baggerzooi” geschreven door Trucianne. Mark Gaal studeert geneeskunde of heeft dat gestudeerd aan de UvA (lees AMC), Jee Dee kan ik niet echt plaatsen, in haar Bio staat o.m. psychologie, vandaar misschien een hartekreet over PubMed. Trucianne is een student.
Toch geven de drie bovenstaande berichten te denken. Een aantal (jonge) mensen is niet in staat om de PubMed zoekmachine de doorgronden. Ligt dat aan PubMed, aan deze mensen zelf, aan het onderwijs?
Naast deze komen zoals gezegd ook andere aardige tweets naar boven. Bijvoorbeeld The Science Network, #pubmed’s social network parody: http://bit.ly/fkzIFE op 4 april (via @deweysnotdead). Uiteindelijk is deze laatse tweet 7x door anderen geretweet. En dat vind ik toch wel een nadeel van twitter: heel veel ruis.

Publiceren

2011/03/04

Iets meer dan twee jaar geleden is er een artikel in het NTvG verschenen over RSS feeds in PubMed, dat ik samen met een collega heb geschreven. Op zich geen groot nieuws. Maar vandaag zat er in mijn mail box een bericht van BioMedLib. Was dat niet een Nederlands blog? Nee, dat was de Biomedbiblog. Hoe het ook zij, BioMedLib blijkt onder andere een attenderingsdienst te zijn, en het NTvG artikel staat bij de laatste 10 artikelen die PubMed over RSS en zoeken in PubMed heeft opgenomen.

Helemaal onderaan de mail staat meer over BioMedLib’s free informal services: “Updater”, “Article Summarization”, “You are cited”en “Free PDFs”. Klinkt allemaal interessant.

BioMedLib is eigenlijk een snelle zoekmachine, “that takes your query and finds the best responses among millions of biomedical articles in the National Library of Medicine’s MEDLINE® database”.
De zoekbalk is helemaal verstopt bovenaan de pagina. De BioMedLib- pagina bevat wat advertenties.  Eigenlijk wil men dat je er een abonnement opneemt, om de kosten te dekken van het onderhoud van soft- en hardware, en dan kun je zonder advertenties zoeken. Ik heb niet naar de fee gekeken.

Als je dan van hen een update krijgt over je NTvG artikel, dan ga je natuurlijk even in hun bestand zoeken op auteursnaam en de uitkomst vergelijken met PubMed zelf.
Als ik op leclercq e zoek in BioMedLib vind ik maar liefst 544 records. Zoveel heb ik nu ook weer niet geschreven. Maar zo kom je wel leuke dingen tegen, zoals de Leclercq test in diagnosis of tear in the rotator cuuf. Geen idee waar dit over gaat.
Dan maar de Advanced search proberen. Hier staan alle Limit functies bij, waarmee je ook in PubMed kunt zoeken, maar ook auteurnaam, affiliation, en wel of geen abstract. Hier dan maar mijn naam ingevuld bij auteur. En ja hoor 14 hits, waarvan ik twee daadwerkelijk heb (mee)geschreven. De eerste hit is het RSS-verhaal is.

Vreemd, dan lopen ze bij BioMedLib toch achter tov PubMed, want het commentaar op Winchester & Bavrey uit de Annals of Internal Medicine, dat in september zo vlot op het web is gepubliceerd (zie mijn eerdere post hierover), is inmiddels op papier verschenen en ook in PubMed opgenomen, sinds gisteren. In PubMed vind ik met mijn naam als trefwoord direct 15 hits, geen Leclercq test daar.

Limitations of the MEDLINE Database in Constructing Meta-analyses.
Leclercq E, Kramer B, Schats W.
Ann Intern Med. 2011 Mar 1;154(5):371-2. No abstract available.
PMID:21357916[PubMed – in process]

Misschien krijg ik t.z.t. van BioMedLib hierover ook weer een e-mail.

Goodbye PubMed, hello raw data

2011/01/28

Onder deze titel publiceerde de BMJ op 12 januari j.l. een editorial van Fiona Godley, editor van de BMJ. Een pakkende titel zeker voor medisch informatiespecialisten, die dagelijks in PubMed zoeken.
Al jaren pleit de Cochrane Collaboration voor openheid van gegevens voor klinische studies. Een eerste stap in de goede richting was het verplicht stellen door de belangrijke medische tijdschriften van een trial nummer, ISRCTN (International Standard Randomised Controlled Trial Number Register). Alle nieuwe trials krijgen zo’n nummer (of zouden zo’n nummer moeten krijgen). Het register waar al deze trials in te vinden zijn is ondergebracht bij de WHO, en voor een ieder toegankelijk en doorzoekbaar.

Fiona Godley gaat in haar stuk nog verder: al het onderzoeksmateriaal, dat tijdens een studie wordt aangemaakt, alle gegevens van patiënten, bijwerkingen, moet ter beschikking komen van auteurs die een systematische review willen schrijven. Zij deed haar oproep naar aanleiding van het weerbarstige gedrag van Roche wat betreft het gebruik van oseltamivir (Tamiflu), een neuramidase remmer, als behandeling om geen griep te krijgen en om de symptomen van griep te verminderen. Aanleiding voor haar editorial was een update van een Cochrane review over griepvaccinatie en het gebruik van neuramidase remmers bij gezonde volwassenen., en een publicatie in BMJ (Jefferson et al) over de moeilijkheden die de Cochrane auteurs hebben ondervonden om alle data boven water te krijgen, en wat dus uiteindelijk niet is gelukt.
Er bleek slechts één onderzoek beschikbaar (met incomplete gegevens en uitgevoerd in opdracht van Roche) dat positieve data beschreef over Tamiflu. In hun update hebben de auteurs daarom hun conclusie over Tamiflu herroepen, die eigenlijk gebaseerd was op dit ene incomplete artikel. Herhaaldelijke verzoeken aan de auteurs van het Tamiflu artikel mochten niet baten. Ook herhaalde verzoeken aan Roche, het bedrijf dat Tamiflu maakt, leverden niet op.
Het zou dus heel goed kunnen dat de werking van Tamiflu op lucht is gebouwd. Roche wil geen opening van zaken geven, het enige positieve artikel over Tamiflu is door Roche gesponsord, en hierin zijn niet alle trialgegevens in verwerkt.
Godley pleit er dan ook voor dat altijd alle onderzoeksgegevens verplicht beschikbaar moeten komen: “Reviewers must assess entire trial programmes, and so new tools and methods are needed.” Voor auteurs van systematische reviews zal dat aanzienlijk meer werk opleveren.

Nieuw bij PubMed limits

2010/11/19

Pubmed heeft de Limits functie uitgebreid. In november zijn er bij de Publication Types dan wel Type of Article twee nieuwe limieten bijgekomen (even doorscrollen naar beneden naar More Publication types), te weten

.

Science Citation Index

2010/11/12

Het aantal wetenschappelijke publicaties groeit in rap tempo. Recentelijk heeft er in PloS een stuk gestaan, waarin werd gesteld dat er dagelijks gemiddeld 75 trials en 11 systematische reviews worden gepubliceerd (Bastian et al, PloS Med 7(9): e1000326. doi:10.1371/journal.pmed.1000326). Niet alleen mensen hebben moeite om deze grote hoeveelheid artikelen bij te kunnen houden, maar ook databases. Een recente publicatie door Larsen & von Ins (Scientometrics, 2010;84:575-603; the rate of growth in scientific publication and the decline in coverage provided by Science Citation Index; open access) kaart dit probleem aan. Met name voor de Science Citation Index (SCI) is dit uitgezocht. De SCI is de meest gebruikte database om publicaties te tellen en om citatieanalyse te doen. Gebleken is dat er weinig gewisseld wordt qua aanbod van tijdschriften. Dat houdt in dat nieuwe tijdschriften, die nieuwe vakgebieden beslaan, moeite hebben om in de SCI te komen. Ook is de groeisnelheid van de SCI kleiner dan andere, vergelijkbare, databases. Dat betekent dus dat de SCI een steeds kleiner deel van de traditionele literatuur covert. Als gevolg daarvan wordt de SCI een slechtere bron om artikelen te vinden.

En de SCI wordt gebruikt voor de jaarlijkse rondedans voor impactfactoren. Als bovenstaande allemaal klopt, kun je een vraagteken zetten bij deze indicatoren: R&D statistieken en scientometrie wordt bedreven in een database, die in de loop van de tijd een steeds kleiner gedeelte van de wetenschap afdekt.

Emtree term voor DTA

2010/11/08

Vandaag werd bekend dat Elsevier, de uitgever van Embase, vanaf 1 december a.s. een nieuwe check tag “diagnostic test accuracy study” gaat toevoegen. Embase voegt als eerste van de grote biomedische bestanden deze term toe. Uiteraard maakt dit het zoeken naar DTA studies eenvoudiger. Het is alleen de vraag of er ook retrospectief ingevoerd gaat worden. Dat zou helemaal mooi zijn. Hopelijk gaan andere bestanden (lees Pubmed) hier binnenkort ook toe over.
Onderhandelingen tussen de Cochrane Register of DTA Studies reference group en Elsevier hebben tot dit resultaat geleid.

MeSH 2011

2010/09/27

De nieuwe MedLine MeSH descriptoren voor 2011 zijn bekend gemaakt. Ze zijn uiteraard te vinden op de PubMed website. Alle nieuwe termen staan hier. Er zijn ook een aantal nieuwe bijgekomen voor de Diagnosis-groep. Daarvoor moet helemaal doorgescrold worden tot E1. Tot de nieuwe MeSH gaan o.a. de volgende termen behoren: Cardiac Imaging Techniques en Diagnostic Self Evaluation. Uiteraard verdwijnen er ook weer termen of gaan op in wat anders. Zo wordt b.v. Kidney Failure omgezet naar Renal Insufficiency.

Nederlandse onderzoekinformatie

2010/09/06

Afgelopen augustus werd via de Nedbib-lijst een bericht rondgestuurd over twee databases die gevuld worden met informatie over (lopend) onderzoek in Nederland. Het ging om NARCIS, een afkorting voor National Academic Research and Collaborations Information System, en om de Nederlandse Experts Site, deel uitmakend van de Nederlandse Onderzoek Databank (NOD). De Nederlandse Experts Site geeft een overzicht van 14.500 wetenschappers met hun expertise.
Alle gegevens van de NOD zijn bovendien opgenomen in de wetenschapsportal NARCIS, volgens het Nedbib-bericht. NARCIS wordt door de KNAW ontwikkeld om de zichtbaarheid en vindbaarheid van wetenschappelijk onderzoek in Nederland te vergroten. NARCIS biedt toegang tot wetenschappelijke informatie waaronder (open access) publicaties afkomstig uit de repositories van alle Nederlandse universiteiten, KNAW, NWO en een aantal wetenschappelijke instellingen, datasets van DANS en beschrijvingen van onderzoeksprojecten, onderzoekers en onderzoeksinstituten.

Dan ga je voor de aardigheid eens kijken of je zelf ook in één van beide databanken voorkomt of één van je collega’s. Op de zoekterm Kremer b.v. vind je in de NOD 11 records, die aan deze term voldoen. Kremer geeft in NARCIS qua persoon er maar 9, en dat zijn andere namen dan die uit de NOD:

NOD

Kremer, MSc. S.; Kremer, Dr. S.T.M.; Kremer Hovinga, Dr. T.K.; Kremer, E.; Kremer, Prof.dr. B.; Kremer, Prof.dr. J.A.M.; Kremer, Dr. J.M.J.; Kremer, Prof.dr. W.D.J.;

NARCIS

Kremer, S. (Msc.); Kremer, E.; Kremer, Dr. S.T.M.; Kremer Hovinga, Dr. T.K.; Kremer, Prof.dr. W.D.J.; Kremer, Prof.dr. J.A.M.; Kremer, Prof.dr. B.; Kremer, Dr. J.M.J.; en Kremer, Prof.dr. H.P.H.

Kremer HPH staat niet in NOD. Verder wordt er in beide bestanden nog onderscheid gemaakt tussen ‘onderzoeker’ en ‘onderzoek’.  Als je onderzoek doet ben je toch onderzoeker?

Dan maar mijn eigen naam gezocht. Leclercq komt in de NOD 1x voor, nl als Leclercq, Drs. P.W.. Lijkt me logisch, want op dit moment ben ik niet echt een onderzoeker. Blijkbaar is het NOD alleen voor de huidige stand van zaken en gaat het niet over de jaren heen.

In NARCIS komt dezelfde naamgenoot voor als persoon. Maar er is ook een tab-blad Publicaties. Even kijken, 168 publicaties met een Leclercq als auteur. Beperken tot Wageningen geeft 9 hits, hiervan ben ik van 7 (mede)auteur. Maar ik mis daar in ieder geval 1 artikel. Bovendien staan de rapporten, die ik toen heb geschreven er ook niet bij.

De vraag is wat er wel en wat er niet wordt opgenomen in NARCIS, want een redelijk recent artikel uit het NTvG over PubMed wat ik mee heb geschreven, kan ik niet vinden. Moet je echt op een overheidssubsidieplaats zitten om in NARCIS opgenomen te worden, of wat zijn de criteria? Maar als eerste ingang geeft het natuurlijk behoorlijk veel informatie als je iemand zoekt met een bepaalde expertise.

Minpuntje van NARCIS: Als je daar op “over NARCIS” klikt, kom je op een pagina uit, waarvandaan je de zoekpagina zelf amper terug kunt vinden, Gewoon klikken op Home dus, dan ga je weer terug. In het linkermenu is daar geen plek voor ingeruimd.