Archive for the ‘PubMed’ Category

Fans van PubMed

2011/04/22

In een vorig bericht heb ik een paar tweet-berichten aangehaald, waarvan de auteur zich behoorlijk negatief over PubMed uitliet, zonder verder op de reden hiervan uit te weiden. Al deze hate-tweets worden trouwens worden verzameld op een website. Een link daarnaartoe vond ik in een tweet van 18 april j.l.: “#hate #pubmed ? 34 people agree. More on Pubmed page: http://j.mp/1jRXvA?”
Als je even goed kijkt staat er onder aan de pagina nog een link naar positieve berichten over PubMed. Gelukkig zijn er andere mensen die niet zo negatief reageren. En uiteraard kan PubMed altijd beter en anders.

Advertenties

Publiceren

2011/03/04

Iets meer dan twee jaar geleden is er een artikel in het NTvG verschenen over RSS feeds in PubMed, dat ik samen met een collega heb geschreven. Op zich geen groot nieuws. Maar vandaag zat er in mijn mail box een bericht van BioMedLib. Was dat niet een Nederlands blog? Nee, dat was de Biomedbiblog. Hoe het ook zij, BioMedLib blijkt onder andere een attenderingsdienst te zijn, en het NTvG artikel staat bij de laatste 10 artikelen die PubMed over RSS en zoeken in PubMed heeft opgenomen.

Helemaal onderaan de mail staat meer over BioMedLib’s free informal services: “Updater”, “Article Summarization”, “You are cited”en “Free PDFs”. Klinkt allemaal interessant.

BioMedLib is eigenlijk een snelle zoekmachine, “that takes your query and finds the best responses among millions of biomedical articles in the National Library of Medicine’s MEDLINE® database”.
De zoekbalk is helemaal verstopt bovenaan de pagina. De BioMedLib- pagina bevat wat advertenties.  Eigenlijk wil men dat je er een abonnement opneemt, om de kosten te dekken van het onderhoud van soft- en hardware, en dan kun je zonder advertenties zoeken. Ik heb niet naar de fee gekeken.

Als je dan van hen een update krijgt over je NTvG artikel, dan ga je natuurlijk even in hun bestand zoeken op auteursnaam en de uitkomst vergelijken met PubMed zelf.
Als ik op leclercq e zoek in BioMedLib vind ik maar liefst 544 records. Zoveel heb ik nu ook weer niet geschreven. Maar zo kom je wel leuke dingen tegen, zoals de Leclercq test in diagnosis of tear in the rotator cuuf. Geen idee waar dit over gaat.
Dan maar de Advanced search proberen. Hier staan alle Limit functies bij, waarmee je ook in PubMed kunt zoeken, maar ook auteurnaam, affiliation, en wel of geen abstract. Hier dan maar mijn naam ingevuld bij auteur. En ja hoor 14 hits, waarvan ik twee daadwerkelijk heb (mee)geschreven. De eerste hit is het RSS-verhaal is.

Vreemd, dan lopen ze bij BioMedLib toch achter tov PubMed, want het commentaar op Winchester & Bavrey uit de Annals of Internal Medicine, dat in september zo vlot op het web is gepubliceerd (zie mijn eerdere post hierover), is inmiddels op papier verschenen en ook in PubMed opgenomen, sinds gisteren. In PubMed vind ik met mijn naam als trefwoord direct 15 hits, geen Leclercq test daar.

Limitations of the MEDLINE Database in Constructing Meta-analyses.
Leclercq E, Kramer B, Schats W.
Ann Intern Med. 2011 Mar 1;154(5):371-2. No abstract available.
PMID:21357916[PubMed – in process]

Misschien krijg ik t.z.t. van BioMedLib hierover ook weer een e-mail.

PubMed en het mysterie van de verdwenen knoppen

2011/01/14

Eind vorig jaar was ik ineens de knop voor RSS feeds en voor het bewaren van de search kwijt in PubMed. Aanleiding was een ingestelde alert, die elke week in mijn e-mail brievenbus citaties hoort op te leveren. Het ging om een zoekstrategie, die ik voor een collega had gemaakt, die zelf geen ervaring met Pubmed had, en mijn hulp vroeg om updates te genereren.
Ik had een uitgebreide zoekactie voor hem gemaakt, de search bewaard in MyNCBI, en elke week kreeg ik de data in mijn mail en die stuurde ik braaf door. Zo hield ik controle over dat alles naar wens ging, en als er wat aan de zoekstrategie moest worden veranderd kon ik dat via mijn eigen login doen. Soms sloeg PubMed een weekje over, maar dat is niet ongebruikelijk. Maar eind vorig jaar duurde het een paar weken, dat er geen updates verschenen.
Dat was verdacht, en dus kopieerde ik de zoekstrategie in de zoekbalk van PubMed en vergeleek het resultaat met de citaties van mijn laatste update. En zoals ik al vreesde, er waren artikelen bij gekomen.
Ik had deze alert ingesteld bij mijn vorige werk, en ik kon zo gauw mijn daarbij behorende login niet vinden. Dus denk je dan, gewoon opnieuw saven en als alert instellen. Maar die vlieger ging niet op. Ik kon de Save search link niet meer vinden, die was verdwenen. En bij goed kijken bleek ook de oranje RSS knop er niet meer te zijn.
De Helpdesk gemaild, met de zoekstrategie erbij. Geen bevredigend antwoord gekregen, behalve naar de instellingen kijken, cookies, computer afsluiten en weer opstarten, dat soort dingen. Maar uiteraard hielp dat niets.
Gek genoeg gaven bij nader inzien andere zoekacties dit rare verschijnsel niet. Dus moest het aan de zoekstrategie liggen. En toen was het meteen duidelijk. Bij het saven van de zoekstrategie heeft PubMed een term met haken eromheen omgezet in dezelfde term met # eromheen, dus “zoekterm” was omgezet in ###zoekterm###. En zo staat deze term nu in MyNCBI.
De zoekstrategie met ###zoekterm### in de zoekbalk van PubMed kopieren en op Search klikken gaat uitstekend, maar een dergelijke zoekstrategie saven mag niet, en dus zijn de linken naar Save search en RSS verdwenen.
De zoekstrategie aangepast, zodat “zoekterm” erin staat in plaats van ###zoekterm###, en dit gaf geen enkel probleem met saven en zo is deze zoekstrategie opnieuw in mijn eigen MyNCBI opgeslagen, nu zonder omzetting door PubMed van “” naar ###.
Inmiddels krijg ik nu wekelijks twee alerts binnen, van de zoekactie met de ###, en één met de “”. En die leveren uiteraard andere citaties op. Eigenlijk zou ik nog eens na moeten gaan, wat het verschil is tussen beide, m.n. of er relevante artikelen met “” worden gemist, want met ## krijg ik meer records.

PubMed nieuws

2010/12/01

PubMed heeft een nieuw aardigheidje: miniplaatjes of wel thumbnails bij sommige abstracts. Het gaat vooralsnog om PubMed Central® articles. Het gaat om afbeeldingen uit de full text. De figuren worden geplaatst in de  National Center for Biotechnology Information (NCBI) Images database, die binnenkort wordt vrijgegeven. Bekijk het complete bericht uit het NLM bulletin.

Nieuw bij PubMed limits

2010/11/19

Pubmed heeft de Limits functie uitgebreid. In november zijn er bij de Publication Types dan wel Type of Article twee nieuwe limieten bijgekomen (even doorscrollen naar beneden naar More Publication types), te weten

.

MeSH 2011

2010/09/27

De nieuwe MedLine MeSH descriptoren voor 2011 zijn bekend gemaakt. Ze zijn uiteraard te vinden op de PubMed website. Alle nieuwe termen staan hier. Er zijn ook een aantal nieuwe bijgekomen voor de Diagnosis-groep. Daarvoor moet helemaal doorgescrold worden tot E1. Tot de nieuwe MeSH gaan o.a. de volgende termen behoren: Cardiac Imaging Techniques en Diagnostic Self Evaluation. Uiteraard verdwijnen er ook weer termen of gaan op in wat anders. Zo wordt b.v. Kidney Failure omgezet naar Renal Insufficiency.

nogmaals PubMed Limits

2010/07/16

In het vorig bericht over PubMed limits is een regels in het tabeltje dat ik ui PubMed had gekopieerd een regel weggevallen. Daarom vandaag een nieuwe poging. Zoals te zien is geven het gebruik van [tiab] en van de Field Tag Title/Abstract een andere opbrengst.

Search History

Search Most Recent Queries Time Result
#11 Search #9 and #10 Field: Title/Abstract 02:40:55 1440
#10 Search survivor or survivor* Field: Title/Abstract 02:40:41 48208
#9 Search childhood cancer Field: Title/Abstract 02:40:25 7258
#8 Search #1 and #2 Field: Title/Abstract 02:38:56 2217
#7 Search #4 and #5 Field: Title/Abstract 02:38:31 1141
#6 Search #4 and #5 02:37:44 1141
#5 Search survivor[tiab] or survivor*[tiab] 02:37:32 48208
#4 Search childhood cancer[tiab] 02:37:22 3336
#3 Search #1 and #2 02:37:07 2217
#2 Search survivor or survivor* 02:36:57 52718
#1 Search childhood cancer 02:36:47 28058

Ik heb nog geen kans gezien de helpdesk van PubMed hierover te benaderen en te vragen hoe dit verschil in opbrengst kan ontstaan.

PubMed Limits

2010/07/09

Op de ClinLib-lijst werd deze week een merkwaardig fenomeen over de Limits-functie van PubMed rondgestuurd. Deze zou niet correct werken.
Zelf werk ik niet zo veel met Limits, alleen na afloop van een search om in de tijd te beperken tot de laatste paar jaar. Verder kun je je via Limits beperken tot een bepaalde leeftijdscategorie, soort publicatie e.d., maar er is ook een pull-down menu waarin Field Tags kunnen worden geselecteerd. Standaard staat deze op All Fields, maar je kunt elk veld kiezen, dat door Medline wordt geïndexeerd.
Nu blijkt dat als je deze Field Tag aanzet na afloop van de search deze niet goed werkt voor de Field Tag Title/Abstract. Je krijgt een heel ander resultaat vergeleken met zoeken als deze Field Tag aanstaat, zie tabelletje hieronder. Het verschil is zo’n 800 records.

Search Most Recent Queries Time Result
#7 Search #5 and #6 Field: Title/Abstract 02:27:11 1439
#6 Search survivor or survivor* Field: Title/Abstract 02:26:51 48150
#5 Search childhood cancer Field: Title/Abstract 02:26:35 7248
#4 Search #1 and #2 Field: Title/Abstract 02:25:39 2215
#3 Search #1 and #2 02:25:15 2215
#2 Search survivor or survivor* 02:22:45 52653
#1 Search childhood cancer 02:22:24 28037

Mogelijk dat dit voor meerdere velden opgaat, bij de Limiet op tijd heb ik nog geen vreemde dingen gezien.

Het probleem met Limieten is een beetje dat je niet altijd in de gaten hebt dat er een limit op zit. Sinds de laatste update van PubMed staat dit netjes op alle schermen vermeld, dus dat helpt een heleboel.
Zelf zou ik de limiet voor Field Tags niet gebruiken, maar direct in de zoekbalk erbij zetten dat je in alleen title/abstract wilt zoeken, b.v. Childhood cancer[tiab]. Dan zie je meteen wat je aan het doen bent.
Maar ook dan krijg je een andere opbrengst vergeleken met het gebruik van de Field Tags:

Search Most Recent Queries Time Result
#14 Search #13 and #12 02:48:34 1141
#12 Search survivor[tiab] or survivor*[tiab] 02:47:37 48150
#11 Search survivor[tiab] or survivor*[tiab] Field: Title/Abstract 02:47:24 48150
#10 Search childhood cancer[tiab] Field: Title/Abstract 02:46:36 3331

Vergelijk maar eens de opbrengst van #10 of #13 met die van #5 uit de vorige tabel: gebruik van de Field Tag Title/Abstract geeft in dit voorbeeld ruim twee keer zoveel records dan zoeken met [tiab]. Het wordt weer eens tijd om PubMed om opheldering te vragen.

Klagen helpt

2010/02/19

Pubmed heeft een aantal kleine veranderingen doorgevoerd die het leven van een informatiespecialist veraangenamen. Zo is er nu boven aan de zoekpagina een link verschenen naar de Limits-pagina.

En als je Limits gebruikt staat er nu altijd op de resultatenpagina dat Limits is geactiveerd. Dan is het dus altijd inzichtelijk dat de Limits aanstaan. Je kunt de Limits daar ook verwijderen dan wel aanpassen.

Ook is de zoeken op datum bij de Limits-optie gewijzigd naar zoals het voorheen met de oude lay-out van PubMed was.

Je kunt weer een datum-range opgegeven zonder dat er tot het jaar 3000 wordt gezocht. Ik heb de helpdesk van PubMed o.m. daarover aangesproken (zie één van mijn vorige berichten hierover), en meer collega’s hebben hierover geklaagd.

Ook moet je iedere keer als je de MeSH-termen van een record wilt bekijken, het menu Publication Types, MeSH terms, Secondary Source ID moet openklappen. Als je dit vervelend vindt, kun je dat aanpassen in MyNCBI, maar dan moet je eerst aanmelden/inloggen. Bij Preferences kun je dit wijzigen.
Het downloaden van records naar een lokale file zou ook verbeterd moeten zijn, je kunt weer ‘eindeloos’ veel records downloaden. Binnenkort ga ik het uittesten: zo’n 2700 records moeten uit PubMed worden opgevraagd ..

And en and bij PubMed

2010/02/05

De booleaanse operatoren in de zoekstrategieën bij Pubmed worden gewoonlijk altijd met hoofdletters geschreven. In veel gevallen is dat niet nodig, als je and typt in plaats van AND vind je evenveel records:

Search Most Recent Queries Time Result
#6 Search child NOT asthma 03:35:21 1407372
#5 Search child not asthma 03:35:13 1407372
#4 Search child OR asthma 03:35:04 1520182
#3 Search child or asthma 03:34:56 1520182
#2 Search child AND asthma 03:34:47 30187
#1 Search child and asthma 03:34:36 30187

Maar in sommige gevallen moet je echt wel hoofdletters gebuiken.

Bijvoorbeeld als je de zoekstrategie wilt bewaren in myNCBI. Als je dan ‘and’ gebruikt, maakt PubMed er een stopwoord van, en zoekt naar “… AND and AND …”. Het resultaat is dan 0 hits.

Bij sommige termen ziet pubMed ‘and’ als onderdeel van een MeSH term.
Het gebruik van ‘and’ geeft ook problemen wanneer je tags gebruikt in je search, maar bij OR en NOT met kleine letters trouwens niet:

Search Most Recent Queries Time Result
#6 Search child[mh] NOT asthma[mh] 03:43:18 1282584
#5 Search child[mh] not asthma[mh] 03:43:10 1282584
#4 Search child[mh] OR asthma[mh] 03:43:03 1371954
#3 Search child[mh] or asthma[mh] 03:42:53 1371954
#2 Search child[mh] AND asthma[mh] 03:41:26 25847
#1 Search child[mh] and asthma[mh] 03:41:04 0

Bij child[mh] and asthma[mh] wordt de search vertaald in “and asthma[mh]”. En er is geen “and asthma” MeSH heading.

Op de help-pagina van PubMed staat het volgende: Enter Boolean operators in uppercase characters to combine or exclude search terms. Maar in het NLM Technical bulletin uit 2007 staat het wat genuanceerder. Citaat:

Question:

What is the correct way to search in PubMed using Boolean operators? Should they be capitalized?

Answer:

Most PubMed searches do not require Boolean operators to be in uppercase characters. The system recognizes both Boolean OR and NOT in either lower or uppercase. However, lowercase Boolean AND is processed as a stopword rather than a Boolean operator because it is sometimes embedded in MeSH Terms and Subheadings. When you search with a lowercase Boolean AND, click the Details tab to see how the search is translated, e.g., breast cancer and therapy is translated so that and becomes AND. Processing lowercase and as a stopword works well for most PubMed queries that simply include search terms; however queries that include search tags or search history numbers may require an uppercase AND. See the two examples that include a search tag below:

For example:

breast cancer AND therapy[sh] successfully translates to: ((“breast neoplasms”[TIAB] NOT Medline[SB]) OR “breast neoplasms”[MeSH Terms] OR breast cancer[Text Word]) AND “therapy”[Subheading]

breast cancer and therapy[sh] fails to translate correctly because the system searches for the complete phase in the subheading field.

Please note that the majority of searches (especially those that do not user search tags or search numbers) do NOT require the Boolean AND, therefore, breast cancer therapy is the recommended format. The Details feature will show you how PubMed translates the search.

Misschien aan de eindgebruiker toch alleen maar het gebruik van hoofdletters aanleren?