Archive for the ‘Zoeken’ Category

Publiceren

2011/03/04

Iets meer dan twee jaar geleden is er een artikel in het NTvG verschenen over RSS feeds in PubMed, dat ik samen met een collega heb geschreven. Op zich geen groot nieuws. Maar vandaag zat er in mijn mail box een bericht van BioMedLib. Was dat niet een Nederlands blog? Nee, dat was de Biomedbiblog. Hoe het ook zij, BioMedLib blijkt onder andere een attenderingsdienst te zijn, en het NTvG artikel staat bij de laatste 10 artikelen die PubMed over RSS en zoeken in PubMed heeft opgenomen.

Helemaal onderaan de mail staat meer over BioMedLib’s free informal services: “Updater”, “Article Summarization”, “You are cited”en “Free PDFs”. Klinkt allemaal interessant.

BioMedLib is eigenlijk een snelle zoekmachine, “that takes your query and finds the best responses among millions of biomedical articles in the National Library of Medicine’s MEDLINE® database”.
De zoekbalk is helemaal verstopt bovenaan de pagina. De BioMedLib- pagina bevat wat advertenties.  Eigenlijk wil men dat je er een abonnement opneemt, om de kosten te dekken van het onderhoud van soft- en hardware, en dan kun je zonder advertenties zoeken. Ik heb niet naar de fee gekeken.

Als je dan van hen een update krijgt over je NTvG artikel, dan ga je natuurlijk even in hun bestand zoeken op auteursnaam en de uitkomst vergelijken met PubMed zelf.
Als ik op leclercq e zoek in BioMedLib vind ik maar liefst 544 records. Zoveel heb ik nu ook weer niet geschreven. Maar zo kom je wel leuke dingen tegen, zoals de Leclercq test in diagnosis of tear in the rotator cuuf. Geen idee waar dit over gaat.
Dan maar de Advanced search proberen. Hier staan alle Limit functies bij, waarmee je ook in PubMed kunt zoeken, maar ook auteurnaam, affiliation, en wel of geen abstract. Hier dan maar mijn naam ingevuld bij auteur. En ja hoor 14 hits, waarvan ik twee daadwerkelijk heb (mee)geschreven. De eerste hit is het RSS-verhaal is.

Vreemd, dan lopen ze bij BioMedLib toch achter tov PubMed, want het commentaar op Winchester & Bavrey uit de Annals of Internal Medicine, dat in september zo vlot op het web is gepubliceerd (zie mijn eerdere post hierover), is inmiddels op papier verschenen en ook in PubMed opgenomen, sinds gisteren. In PubMed vind ik met mijn naam als trefwoord direct 15 hits, geen Leclercq test daar.

Limitations of the MEDLINE Database in Constructing Meta-analyses.
Leclercq E, Kramer B, Schats W.
Ann Intern Med. 2011 Mar 1;154(5):371-2. No abstract available.
PMID:21357916[PubMed – in process]

Misschien krijg ik t.z.t. van BioMedLib hierover ook weer een e-mail.

PubMed en het mysterie van de verdwenen knoppen

2011/01/14

Eind vorig jaar was ik ineens de knop voor RSS feeds en voor het bewaren van de search kwijt in PubMed. Aanleiding was een ingestelde alert, die elke week in mijn e-mail brievenbus citaties hoort op te leveren. Het ging om een zoekstrategie, die ik voor een collega had gemaakt, die zelf geen ervaring met Pubmed had, en mijn hulp vroeg om updates te genereren.
Ik had een uitgebreide zoekactie voor hem gemaakt, de search bewaard in MyNCBI, en elke week kreeg ik de data in mijn mail en die stuurde ik braaf door. Zo hield ik controle over dat alles naar wens ging, en als er wat aan de zoekstrategie moest worden veranderd kon ik dat via mijn eigen login doen. Soms sloeg PubMed een weekje over, maar dat is niet ongebruikelijk. Maar eind vorig jaar duurde het een paar weken, dat er geen updates verschenen.
Dat was verdacht, en dus kopieerde ik de zoekstrategie in de zoekbalk van PubMed en vergeleek het resultaat met de citaties van mijn laatste update. En zoals ik al vreesde, er waren artikelen bij gekomen.
Ik had deze alert ingesteld bij mijn vorige werk, en ik kon zo gauw mijn daarbij behorende login niet vinden. Dus denk je dan, gewoon opnieuw saven en als alert instellen. Maar die vlieger ging niet op. Ik kon de Save search link niet meer vinden, die was verdwenen. En bij goed kijken bleek ook de oranje RSS knop er niet meer te zijn.
De Helpdesk gemaild, met de zoekstrategie erbij. Geen bevredigend antwoord gekregen, behalve naar de instellingen kijken, cookies, computer afsluiten en weer opstarten, dat soort dingen. Maar uiteraard hielp dat niets.
Gek genoeg gaven bij nader inzien andere zoekacties dit rare verschijnsel niet. Dus moest het aan de zoekstrategie liggen. En toen was het meteen duidelijk. Bij het saven van de zoekstrategie heeft PubMed een term met haken eromheen omgezet in dezelfde term met # eromheen, dus “zoekterm” was omgezet in ###zoekterm###. En zo staat deze term nu in MyNCBI.
De zoekstrategie met ###zoekterm### in de zoekbalk van PubMed kopieren en op Search klikken gaat uitstekend, maar een dergelijke zoekstrategie saven mag niet, en dus zijn de linken naar Save search en RSS verdwenen.
De zoekstrategie aangepast, zodat “zoekterm” erin staat in plaats van ###zoekterm###, en dit gaf geen enkel probleem met saven en zo is deze zoekstrategie opnieuw in mijn eigen MyNCBI opgeslagen, nu zonder omzetting door PubMed van “” naar ###.
Inmiddels krijg ik nu wekelijks twee alerts binnen, van de zoekactie met de ###, en één met de “”. En die leveren uiteraard andere citaties op. Eigenlijk zou ik nog eens na moeten gaan, wat het verschil is tussen beide, m.n. of er relevante artikelen met “” worden gemist, want met ## krijg ik meer records.

Nederlandse onderzoekinformatie

2010/09/06

Afgelopen augustus werd via de Nedbib-lijst een bericht rondgestuurd over twee databases die gevuld worden met informatie over (lopend) onderzoek in Nederland. Het ging om NARCIS, een afkorting voor National Academic Research and Collaborations Information System, en om de Nederlandse Experts Site, deel uitmakend van de Nederlandse Onderzoek Databank (NOD). De Nederlandse Experts Site geeft een overzicht van 14.500 wetenschappers met hun expertise.
Alle gegevens van de NOD zijn bovendien opgenomen in de wetenschapsportal NARCIS, volgens het Nedbib-bericht. NARCIS wordt door de KNAW ontwikkeld om de zichtbaarheid en vindbaarheid van wetenschappelijk onderzoek in Nederland te vergroten. NARCIS biedt toegang tot wetenschappelijke informatie waaronder (open access) publicaties afkomstig uit de repositories van alle Nederlandse universiteiten, KNAW, NWO en een aantal wetenschappelijke instellingen, datasets van DANS en beschrijvingen van onderzoeksprojecten, onderzoekers en onderzoeksinstituten.

Dan ga je voor de aardigheid eens kijken of je zelf ook in één van beide databanken voorkomt of één van je collega’s. Op de zoekterm Kremer b.v. vind je in de NOD 11 records, die aan deze term voldoen. Kremer geeft in NARCIS qua persoon er maar 9, en dat zijn andere namen dan die uit de NOD:

NOD

Kremer, MSc. S.; Kremer, Dr. S.T.M.; Kremer Hovinga, Dr. T.K.; Kremer, E.; Kremer, Prof.dr. B.; Kremer, Prof.dr. J.A.M.; Kremer, Dr. J.M.J.; Kremer, Prof.dr. W.D.J.;

NARCIS

Kremer, S. (Msc.); Kremer, E.; Kremer, Dr. S.T.M.; Kremer Hovinga, Dr. T.K.; Kremer, Prof.dr. W.D.J.; Kremer, Prof.dr. J.A.M.; Kremer, Prof.dr. B.; Kremer, Dr. J.M.J.; en Kremer, Prof.dr. H.P.H.

Kremer HPH staat niet in NOD. Verder wordt er in beide bestanden nog onderscheid gemaakt tussen ‘onderzoeker’ en ‘onderzoek’.  Als je onderzoek doet ben je toch onderzoeker?

Dan maar mijn eigen naam gezocht. Leclercq komt in de NOD 1x voor, nl als Leclercq, Drs. P.W.. Lijkt me logisch, want op dit moment ben ik niet echt een onderzoeker. Blijkbaar is het NOD alleen voor de huidige stand van zaken en gaat het niet over de jaren heen.

In NARCIS komt dezelfde naamgenoot voor als persoon. Maar er is ook een tab-blad Publicaties. Even kijken, 168 publicaties met een Leclercq als auteur. Beperken tot Wageningen geeft 9 hits, hiervan ben ik van 7 (mede)auteur. Maar ik mis daar in ieder geval 1 artikel. Bovendien staan de rapporten, die ik toen heb geschreven er ook niet bij.

De vraag is wat er wel en wat er niet wordt opgenomen in NARCIS, want een redelijk recent artikel uit het NTvG over PubMed wat ik mee heb geschreven, kan ik niet vinden. Moet je echt op een overheidssubsidieplaats zitten om in NARCIS opgenomen te worden, of wat zijn de criteria? Maar als eerste ingang geeft het natuurlijk behoorlijk veel informatie als je iemand zoekt met een bepaalde expertise.

Minpuntje van NARCIS: Als je daar op “over NARCIS” klikt, kom je op een pagina uit, waarvandaan je de zoekpagina zelf amper terug kunt vinden, Gewoon klikken op Home dus, dan ga je weer terug. In het linkermenu is daar geen plek voor ingeruimd.

Clinical Knowledge Summaries

2010/08/27

Sinds een paar maanden krijg ik van de NHS uit Engeland een overzicht in mijn mailbox over verschillende medische onderwerpen. De NHS noemt dit Clinical Knowledge Summaries (CKS). In het augustus ‘nummer’ komen b.v. Analgesia – mild-to-moderate pain (new) , Breathlessness (new), Corticosteroids – topical (skin, nose and eyes) (new) en Hypercalcaemia (new) aan bod

Het zijn of nieuwe onderwerpen of updates van een reeds bestaande samenvatting. Zo zijn er o.m. van de volgende onderwerpen (clinical topics)  CKS beschikbaar: carciovascular, gastrointestinal, infections, preventive medicine en palliative care.

Onder Cardiovasculare worden over o.m. de volgende onderwerpen een samenvatting geschreven: angina, CVD risk assessment en hypercholesterolaemia.

Als je een onderwerp nader wilt bekijken, is een simpele klik voldoende om een kort overzicht van de ziekte en ziektebeeld te krijgen. Onderaan die webpagina staat nog een link “In depth” waar nog meer informatie te krijgen is. Trouwens de database is ook met trefwoorden doorzoekbaar.

Het is een goede bron om eens doorheen te lopen voor algemeen medische problemen. Je moet je wel eerst registreren.

nogmaals PubMed Limits

2010/07/16

In het vorig bericht over PubMed limits is een regels in het tabeltje dat ik ui PubMed had gekopieerd een regel weggevallen. Daarom vandaag een nieuwe poging. Zoals te zien is geven het gebruik van [tiab] en van de Field Tag Title/Abstract een andere opbrengst.

Search History

Search Most Recent Queries Time Result
#11 Search #9 and #10 Field: Title/Abstract 02:40:55 1440
#10 Search survivor or survivor* Field: Title/Abstract 02:40:41 48208
#9 Search childhood cancer Field: Title/Abstract 02:40:25 7258
#8 Search #1 and #2 Field: Title/Abstract 02:38:56 2217
#7 Search #4 and #5 Field: Title/Abstract 02:38:31 1141
#6 Search #4 and #5 02:37:44 1141
#5 Search survivor[tiab] or survivor*[tiab] 02:37:32 48208
#4 Search childhood cancer[tiab] 02:37:22 3336
#3 Search #1 and #2 02:37:07 2217
#2 Search survivor or survivor* 02:36:57 52718
#1 Search childhood cancer 02:36:47 28058

Ik heb nog geen kans gezien de helpdesk van PubMed hierover te benaderen en te vragen hoe dit verschil in opbrengst kan ontstaan.

Embase vs Medline

2010/06/11

Binnen de literatuuronderzoekers wordt er regelmatig gediscussieerd in welke database je het beste kunt zoeken en of Pubmed/Medline alleen niet voldoende is. Deze week kwam ik een blog tegen met als titel: EMBASE vs. MEDLINE: A Review of Scientific Journals Databases. Precies in de roos wat dat betreft.
De blog zelf valt een beetje tegen: wat algemeenheden over Medline en Embase, wat voor tijdschriften ze coveren e.d. Maar er wordt doorverwezen naar een artikel uit 2005 met als titel: EMBASE versus MEDLINE for family medicine searches, verschenen in Canadian Family Physician. Voor family medicine (huisartsengeneeskunde?) hebben de auteurs de verschillen qua opbrengst van Embase tov Medline met elkaar vergeleken. Er is gebruik gemaakt van het Ovid platform. Een search is gedaan in beide bestanden, zoveel mogelijk dezelfde termen gebruikt, maar voor therapie kom je in Embase uit op Therapy en voor Medline bij Therapeutics.
Totaal werden 3445 records gevonden in beide bestanden samen (unieke Embase records, unieke Medline records en records uit beide databases samen). Slechts 177 records waren dubbel (5,1%), uit Embase kwamen 2246 hits (65,2%) en uit Medline kwamen 1199 records (34,8%). Heel weinig overlap in dit onderzoek dus.
De totale opbrengst is ook nog verdeeld in onderwerpen, zoals dermatitis, diabetes. En dan zie je ook grote verschillen in opbrengst per database. Embase scoort hoog met hypertensionen depression, terwijl Medline iets meer records levert op het gebied van asthma.
Het zijn allemaal onderwerpen die in de eerstelijns gezondheidszorg belangrijk zijn.
Eigenlijk zou dit onderzoek herhaald moeten worden, tenslotte is het al vijf jaar geleden dat dit artikel is verschenen. Een zelfde soort onderzoek op meer specialistisch terrein zou ik ook graag willen zien. Ik heb nog wel een onderwerp liggen ergens onderop de stapel:)

Taurine en L-carnitine

2010/03/05

In energiedranken worden vaak naast caffeïne ook nog taurine en L-carnitine toegevoegd. Taurine is een aminosulfonzuur en kan door het lichaam worden aangemaakt. In het lichaam speelt het onder meer een rol bij de vertering van vetten: gal bevat taurine. Taurine versterkt de hartspier en speelt het een rol bij het samentrekken van de hartspier. Behalve in energiedranken komt taurine voor in dierlijke producten, zoals vlees en eieren (bron: http://nl.wikipedia.org/wiki/Taurine).
L-Carnitine is een amoniumzout dat in de lever en nieren wordt aangemaakt uit de aminozuren lysine en methionine. Het komt uitsluitend in dierlijke producten voor (bron:http://nl.wikipedia.org/wiki/Carnitine).  Het speelt een rol bij het transport en verbranding van vetten. Het wordt dan ook gebruikt als een middel om af te vallen.
Zou een verbod op het drinken van energiedranken, die zowel taurine als carnitine op zijn plaats zijn. Een docent van een sportschool poneerde deze stelling.
Ook in dit geval hangt het er van af hoeveel en hoe vaak je dit soort drankjes tot je neemt. Consumptie van één blikje per week lijkt me weinig effect te sorteren, maar wordt het een dagelijkse inname dan ligt de zaak toch anders.
Enig zoekwerk op internet levert weinig informatie op, er is genoeg, maar er is te weinig relevants op dit gebied en het blijft te algemeen. PubMed is weer veel te specifiek.
PubChem geeft voor beide stoffen een mooie samenvatting, dan dan ieder voor zich uitmaken of hij/zij wel of niet dagelijks/wekelijks/nooit dergelijke dranken wil nuttigen: taurine, L-carnitine

And en and bij PubMed

2010/02/05

De booleaanse operatoren in de zoekstrategieën bij Pubmed worden gewoonlijk altijd met hoofdletters geschreven. In veel gevallen is dat niet nodig, als je and typt in plaats van AND vind je evenveel records:

Search Most Recent Queries Time Result
#6 Search child NOT asthma 03:35:21 1407372
#5 Search child not asthma 03:35:13 1407372
#4 Search child OR asthma 03:35:04 1520182
#3 Search child or asthma 03:34:56 1520182
#2 Search child AND asthma 03:34:47 30187
#1 Search child and asthma 03:34:36 30187

Maar in sommige gevallen moet je echt wel hoofdletters gebuiken.

Bijvoorbeeld als je de zoekstrategie wilt bewaren in myNCBI. Als je dan ‘and’ gebruikt, maakt PubMed er een stopwoord van, en zoekt naar “… AND and AND …”. Het resultaat is dan 0 hits.

Bij sommige termen ziet pubMed ‘and’ als onderdeel van een MeSH term.
Het gebruik van ‘and’ geeft ook problemen wanneer je tags gebruikt in je search, maar bij OR en NOT met kleine letters trouwens niet:

Search Most Recent Queries Time Result
#6 Search child[mh] NOT asthma[mh] 03:43:18 1282584
#5 Search child[mh] not asthma[mh] 03:43:10 1282584
#4 Search child[mh] OR asthma[mh] 03:43:03 1371954
#3 Search child[mh] or asthma[mh] 03:42:53 1371954
#2 Search child[mh] AND asthma[mh] 03:41:26 25847
#1 Search child[mh] and asthma[mh] 03:41:04 0

Bij child[mh] and asthma[mh] wordt de search vertaald in “and asthma[mh]”. En er is geen “and asthma” MeSH heading.

Op de help-pagina van PubMed staat het volgende: Enter Boolean operators in uppercase characters to combine or exclude search terms. Maar in het NLM Technical bulletin uit 2007 staat het wat genuanceerder. Citaat:

Question:

What is the correct way to search in PubMed using Boolean operators? Should they be capitalized?

Answer:

Most PubMed searches do not require Boolean operators to be in uppercase characters. The system recognizes both Boolean OR and NOT in either lower or uppercase. However, lowercase Boolean AND is processed as a stopword rather than a Boolean operator because it is sometimes embedded in MeSH Terms and Subheadings. When you search with a lowercase Boolean AND, click the Details tab to see how the search is translated, e.g., breast cancer and therapy is translated so that and becomes AND. Processing lowercase and as a stopword works well for most PubMed queries that simply include search terms; however queries that include search tags or search history numbers may require an uppercase AND. See the two examples that include a search tag below:

For example:

breast cancer AND therapy[sh] successfully translates to: ((“breast neoplasms”[TIAB] NOT Medline[SB]) OR “breast neoplasms”[MeSH Terms] OR breast cancer[Text Word]) AND “therapy”[Subheading]

breast cancer and therapy[sh] fails to translate correctly because the system searches for the complete phase in the subheading field.

Please note that the majority of searches (especially those that do not user search tags or search numbers) do NOT require the Boolean AND, therefore, breast cancer therapy is the recommended format. The Details feature will show you how PubMed translates the search.

Misschien aan de eindgebruiker toch alleen maar het gebruik van hoofdletters aanleren?

Novoseek

2010/01/29

Begin deze maand heb ik stukje geschreven over Novoseek en Quertle. Van de helpdesk van Novoseek heb ik commentaar terug gekregen op mijn bezwaren van beide databases: “complexe zoekacties zijn niet mogelijk, de zoekgeschiedenis is moeizaam of niet te achterhalen, en downloaden van de gegevens is ook niet voor de hand liggend”.
Complexe zoekacties kunnen op zich wel worden uitgevoerd in Novoseek, via de Advance Search pagina: “the Advanced search page allows people to set up advanced queries by specifying database (pubmed, free full text or US Grants), words to find in publications (or to avoid) as well as specifying the concepts you are looking for (diseases, pharmacological substances, genes&proteins, symptoms, etc) and the date range”. Dat zit allemaal wel goed.
Maar wat ik bedoelde was meer dat zelf ik zoekacties wilde combineren en niet met de concepten die Novoseek aanreikt. Als ik een zoekactie doe voor een Cochrane review is deze onderverdeeld in een vier- of vijftal zoekstrategieën, elk gericht op een deel van de PICO. Als ik dezelfde zoekactie wil doen in Novoseek moet ik er één string van maken en die in de zoekbalk kopiëren.

Ik heb dat vanochtend uitgeprobeerd voor een search die ik gisteren in PubMed heb gedaan. Deze bestond uit de onderdelen discharge AND neutropenia AND child AND childhood cancer AND RCT. Alle onderdelen bevatten meer dan 10 termen. Het aan elkaar vastplakken van de zoekstrategieën tot één grote zoekvraag ging goed t.e.m. childhood cancer. Daarna kreeg ik ## in de zoekstrategie en kreeg ik uiteraard 0 records.
De zoekvraag discharge AND neutropenia AND child AND childhood cancer gaf in Novoseek 1085 treffers tegen 535 in PubMed zelf. De eerste 10 records uit Novoseek gaven in ieder geval twee hits, die raak waren tegen drie van de eerste twintig in PubMed.
Het zou leuk zijn om een nadere analyse te doen van beide resultaten. Helaas ontbreekt daarvoor bij mij de tijd.
De zoekgeschiedenis blijft wat mij betreft een moeizaam geheel. Je kunt de zoekvraag opslaan en later weer oproepen, maar wat ik vandaag bij Novoseek heb gedaan aan searches kan ik nergens terugvinden.
Voor het opslaan van zoekacties moet je je trouwens aanmelden. Dat gaat heel simpel via My Novoseek.
Als je bent aangemeld kun je ook data downloaden in *.ris formaat. Alleen moet je elk records aanvinken. Voor Cochrane zou ik dus in bovenstaand voorbeeld 1085 records moeten aanklikken om de complete set te krijgen. Dat is onbegonnen werk. Een optie om alles in één keer te selecteren zou daarvoor een oplossing kunnen bieden.

Nabrander: tot 100 zoekacties zijn terug te vinden in My Novoseek en daar vanuit kun je de zoekactie herhalen door op de link hiervan te klikken

ASPO, PICO

2010/01/15

Deze week heb ik de Postgraduate Course gevolgd van de ASPO, Amsterdam School of Pediatric Oncology.  Veel geleerd over neuroblastoma, nephroblastoma, leukemia’s, lymphoma’s, en over de Hallmarks of Cancer, waarom kankercellen uit de pas gaan lopen.  Geen zoekstrategieën deze keer.
Alhoewel … Tijdens één van de case presentations beweerde de spreker dat hij geen publicaties – op één artikel na over volwassenen – heeft kunnen vinden of er een verband bestaat tussen Mediterranian fever en neuroblastoma bij kinderen. Dat is natuurlijk een ultieme uittdaging. Of heeft iemand toevallig hier al een keer naar gezocht?

Ander nieuwtje is dat Cochrane PICO’s wil gaan ontwikkelen. Een pilot draait op dit moment samen Wiley, de uitgever van de Cochrane Library. Het moet net zo makkelijk toegankelijk zijn als reviews en als de Cochrane Journal Club. In mei a.s. worden de eerste resultaten van de pilot bekend gemaakt.