PubMed en het mysterie van de verdwenen knoppen

2011/01/14

Eind vorig jaar was ik ineens de knop voor RSS feeds en voor het bewaren van de search kwijt in PubMed. Aanleiding was een ingestelde alert, die elke week in mijn e-mail brievenbus citaties hoort op te leveren. Het ging om een zoekstrategie, die ik voor een collega had gemaakt, die zelf geen ervaring met Pubmed had, en mijn hulp vroeg om updates te genereren.
Ik had een uitgebreide zoekactie voor hem gemaakt, de search bewaard in MyNCBI, en elke week kreeg ik de data in mijn mail en die stuurde ik braaf door. Zo hield ik controle over dat alles naar wens ging, en als er wat aan de zoekstrategie moest worden veranderd kon ik dat via mijn eigen login doen. Soms sloeg PubMed een weekje over, maar dat is niet ongebruikelijk. Maar eind vorig jaar duurde het een paar weken, dat er geen updates verschenen.
Dat was verdacht, en dus kopieerde ik de zoekstrategie in de zoekbalk van PubMed en vergeleek het resultaat met de citaties van mijn laatste update. En zoals ik al vreesde, er waren artikelen bij gekomen.
Ik had deze alert ingesteld bij mijn vorige werk, en ik kon zo gauw mijn daarbij behorende login niet vinden. Dus denk je dan, gewoon opnieuw saven en als alert instellen. Maar die vlieger ging niet op. Ik kon de Save search link niet meer vinden, die was verdwenen. En bij goed kijken bleek ook de oranje RSS knop er niet meer te zijn.
De Helpdesk gemaild, met de zoekstrategie erbij. Geen bevredigend antwoord gekregen, behalve naar de instellingen kijken, cookies, computer afsluiten en weer opstarten, dat soort dingen. Maar uiteraard hielp dat niets.
Gek genoeg gaven bij nader inzien andere zoekacties dit rare verschijnsel niet. Dus moest het aan de zoekstrategie liggen. En toen was het meteen duidelijk. Bij het saven van de zoekstrategie heeft PubMed een term met haken eromheen omgezet in dezelfde term met # eromheen, dus “zoekterm” was omgezet in ###zoekterm###. En zo staat deze term nu in MyNCBI.
De zoekstrategie met ###zoekterm### in de zoekbalk van PubMed kopieren en op Search klikken gaat uitstekend, maar een dergelijke zoekstrategie saven mag niet, en dus zijn de linken naar Save search en RSS verdwenen.
De zoekstrategie aangepast, zodat “zoekterm” erin staat in plaats van ###zoekterm###, en dit gaf geen enkel probleem met saven en zo is deze zoekstrategie opnieuw in mijn eigen MyNCBI opgeslagen, nu zonder omzetting door PubMed van “” naar ###.
Inmiddels krijg ik nu wekelijks twee alerts binnen, van de zoekactie met de ###, en één met de “”. En die leveren uiteraard andere citaties op. Eigenlijk zou ik nog eens na moeten gaan, wat het verschil is tussen beide, m.n. of er relevante artikelen met “” worden gemist, want met ## krijg ik meer records.

Advertenties

Information overload

2010/12/22

In het kerstnummer van BMJ staat een editorial van Richard Smith over hoe om te gaan met het teveel aan informatie: Strategies for coping with information overload. Het is een commentaar en aanvulling op een artikel dat is geschreven door Fraser and Dunstan: On the impossibility of being expert. Vooral de laatste zin uit de editorial is aardig:

“Will we ever solve the problem of information overload?” I imagine myself asking God as I arrive in heaven. “Sure,” he’ll answer, “but not in my lifetime.”

.

Delicious

2010/12/20

Delicious houdt er mee op, de online webpagina om bookmarks of favorieten te bewaren, te delen en te managen (zie de blog van techcrunch). Overal ter wereld bij je favoriete websites kunnen, althans de links daar naar toe bij de hand hebben. Jammer. In de loop van de tijd heb ik toch een aardige hoeveelheid links verzameld, niet alleen voor het werk, maar ook privé.

Er zijn uiteraard ook alternatieven voor Delicious. Het meest genoemde is wel Diigo; zie b.v. blog Delicious stopt ermee, wat nu? van MINDZ. Inmiddels heb ik bij Diigo een account aangemaakt en mijn favorieten overgezet. Verder dan dat ben ik nog niet gekomen, dus wat mijn ervaringen zijn met Diigo, moet nog even wachten. Het overzettenvan de links duurde best wel lang, maar iedereen zet nu zijn bookmarks over 😉

E-content

2010/12/03

In hoeverre e-readers al gemeengoed zijn binnen de medische bibliotheken van Nederland weet ik niet. De openbare bibliotheken zijn er al druk mee bezig. Lees de NEDBIB berichten maar.
In het laatste nummer van JEAHIL werd door Oliver Obst aandacht besteed aan het uitlenen van iPads in de bibliotheek van Münster. Er is trouwens een interessante blog over “eBooks, audio books, and other digital content found in libraries as well as the technology needed to read and listen to this digital content”: No shelf required.

WEB&Z bijeenkomst

2010/12/03

Afgelopen dinsdag was de WEB&Z weer bijeen. Dit keer in Diemen bij het CVZ (met dank aan Marli van Amsterdam). Het was echt een volle bak met 34 collega’s, die de kou hadden getrotseerd.
Terugkerend thema is de vraag naar literatuuronderzoek binnen ziekenhuizen voor het maken van (systematische) reviews. Net of er geen gewoon onderzoek meer plaatsvindt. Alhoewel, volgens een recent PloS artikel (zie vorige post over de Science Citation Index), wordt er gemiddeld dagelijks de uitkomst van zo’n 75 trials gepubliceerd.
Een ander issue dat de aandacht vraagt is het opleiden van artsen en verpleegkundigen om in met name PubMed te kunnen zoeken. Om evidence te vinden voor een bepaald medisch probleem. Met de publicatie van 11 systematische reviews per dag (zie het PloS artikel) zou dat niet moeilijk horen te zijn. Even kijken in de Cochrane Library en klaar is Kees. Zo werkt het in de praktijk natuurlijk niet. Veel onderwerpen zijn binnen Cochrane nog niet gecoverd. Het gaat bij Cochrane vooral om interventiereviews, alhoewel daar verandering in komt.
In een recente publicatie van Hurwitz & Slawson wordt de stelling geponeerd of er tijdens de opleiding in plaats van evidence-based medicine niet beter information management kan worden gedoceerd. Het is met name geschreven vanuit een orthopedisch perspectief, maar kan voor collega’s, die onderwijs geven ook interessant zijn om kennis van te nemen. Dit is lijkt mij niet alleem een discussie voor medische specialisten, maar ook voor medisch informatiespecialisten.

PubMed nieuws

2010/12/01

PubMed heeft een nieuw aardigheidje: miniplaatjes of wel thumbnails bij sommige abstracts. Het gaat vooralsnog om PubMed Central® articles. Het gaat om afbeeldingen uit de full text. De figuren worden geplaatst in de  National Center for Biotechnology Information (NCBI) Images database, die binnenkort wordt vrijgegeven. Bekijk het complete bericht uit het NLM bulletin.

Obesitas

2010/11/26

Gisteren stond het op de voorpagina van NRC Handelsblad: obesitas is een chronische, ongeneeslijke ziekte. Jarenlange behandeling is nodig om gewichtsvermindering te bewerkstelligen en om een gezondere leefwijze te bevorderen en te behouden. Dit staat in de deze week uitgekomen Zorgstandaard Obesitas.
Dit is uiteraard geen goed nieuws: jarenlang mensen helpen om van hun overgewicht af te komen. En als dat niet lukt: obesitas leidt tot een verhoogde kans op diabetes, gewrichtsproblemen, en hart- en vaatziekten.
Ook hebben mensen met obesitas een verhoogd risico op het verkrijgen van een aantal types kanker. De blog Onco’Zine besteedde hier deze week ook aandacht aan, met een verwijzing naar een wat “alternatieve” blog van een zekere dr. Su, met als titel Carbohydtrates can kill.
In elk geval geldt dat het voorkomen van obesitas beter is dan genezen.

Nieuw bij PubMed limits

2010/11/19

Pubmed heeft de Limits functie uitgebreid. In november zijn er bij de Publication Types dan wel Type of Article twee nieuwe limieten bijgekomen (even doorscrollen naar beneden naar More Publication types), te weten

.

Science Citation Index

2010/11/12

Het aantal wetenschappelijke publicaties groeit in rap tempo. Recentelijk heeft er in PloS een stuk gestaan, waarin werd gesteld dat er dagelijks gemiddeld 75 trials en 11 systematische reviews worden gepubliceerd (Bastian et al, PloS Med 7(9): e1000326. doi:10.1371/journal.pmed.1000326). Niet alleen mensen hebben moeite om deze grote hoeveelheid artikelen bij te kunnen houden, maar ook databases. Een recente publicatie door Larsen & von Ins (Scientometrics, 2010;84:575-603; the rate of growth in scientific publication and the decline in coverage provided by Science Citation Index; open access) kaart dit probleem aan. Met name voor de Science Citation Index (SCI) is dit uitgezocht. De SCI is de meest gebruikte database om publicaties te tellen en om citatieanalyse te doen. Gebleken is dat er weinig gewisseld wordt qua aanbod van tijdschriften. Dat houdt in dat nieuwe tijdschriften, die nieuwe vakgebieden beslaan, moeite hebben om in de SCI te komen. Ook is de groeisnelheid van de SCI kleiner dan andere, vergelijkbare, databases. Dat betekent dus dat de SCI een steeds kleiner deel van de traditionele literatuur covert. Als gevolg daarvan wordt de SCI een slechtere bron om artikelen te vinden.

En de SCI wordt gebruikt voor de jaarlijkse rondedans voor impactfactoren. Als bovenstaande allemaal klopt, kun je een vraagteken zetten bij deze indicatoren: R&D statistieken en scientometrie wordt bedreven in een database, die in de loop van de tijd een steeds kleiner gedeelte van de wetenschap afdekt.

Evidence slecht voor de gezondheid?

2010/11/12

In de BMJ een prikkelend commentaar van Des Spencer, huisarts in Glasgow: Why evidence is bad for your health. Overdreven of zit er een grond van waarheid in? Oordeel zelf.